[发明专利]单分子蛋白测序

权利要求书

1.一种用于确定包含蛋白的液体中所述蛋白的类型的方法，所述方法包括：

a)用对2种类型的预定蛋白氨基酸具有选择性的至少2种类型的氨基酸标记物功能化蛋白，

b)在液相中，用基于固定的ATP依赖性蛋白酶的分子转运蛋白器引导功能化的所述蛋白通过检测器的检测区，所述检测器配置为检测作为标记的所述氨基酸的所述标记物的函数的信号；

c)从检测的所述信号，确定所述预定蛋白氨基酸的序列；

d)比较所述预定蛋白氨基酸的序列与这种序列在蛋白的数据库中的出现，以及确定所述液体中的蛋白的类型。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述分子转运蛋白器是选自由ClpXP、ClpAP、ClpCP、ClpEP、ClpYQ、ClpB、Lon、FtsH、archealPAN组成的ATP依赖性蛋白酶的组中的分子转运蛋白器，以及基于蛋白酶体的分子转运蛋白器。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述分子转运蛋白器是基于ClpXP的分子转运蛋白器。

4.根据权利要求1或2所述的方法，其中，仅标记半胱氨酸和赖氨酸。

5.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述分子转运蛋白器包括配置为探测氨基酸标记物的供体。

6.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述标记物包括荧光受体，其中，配置为与所述荧光受体中的一种暂时形成供体受体对的荧光供体配置在所述检测区内，并且其中，所述检测器包括荧光显微镜，所述荧光显微镜包括全内反射荧光显微镜、共聚焦荧光显微镜或基于零模式波导的荧光显微镜；并且其中，所述标记物包括选自花青家族、Alexa家族、Atto家族、Dy家族和罗丹明家族中的一种或多种的有机荧光团。

7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述分子转运蛋白器是基于ClpXP的分子转运蛋白器。

8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于ClpXP的分子转运蛋白器包括ClpP单体和至少一种突变ClpP单体的不对称ClpP室，其中，至少一种突变ClpP单体不能对接至ClpX，并且其中，该至少一种突变ClpP被荧光供体标记。

9.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于ClpXP的分子转运蛋白器包括与未标记的ClpP蛋白复合的荧光供体标记的ClpX。

10.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述方法包括用所述分子转运蛋白器引导功能化的所述蛋白通过具有纳米转运侧和相反侧的包括滤波器的纳米孔，其中，所述检测器包括配置为测量所述包括滤波器的纳米孔的所述纳米转运侧和所述相反侧之间的电参数的检测器单元，并且其中，所述电参数选自由电位差、电流和电阻组成的组。

11.根据权利要求1或2所述的方法，进一步包括用通过所述分子转运蛋白器可识别的标签标记所述蛋白。

12.根据权利要求1或2所述的方法，其中，利用所述基于固定的ATP依赖性蛋白酶的分子转运蛋白器，使功能化的所述蛋白以一定的易位速度易位通过所述检测器的所述检测区，其中，所述易位速度选自0.1-60个氨基酸/秒的范围。

13.根据权利要求12所述的方法，其中，通过控制所述液体中的ATP浓度控制所述易位速度。

14.根据权利要求1或2所述的方法，包括检测待识别的所述蛋白中至少15个所述预定蛋白氨基酸的存在。

15.根据权利要求1或2所述的方法，其中，所述数据库是远程数据库。

16.根据权利要求1或2所述的方法，包括用对2-4种类型的预定蛋白氨基酸具有选择性的2-4种类型的氨基酸标记物功能化所述蛋白。

17.根据权利要求1或2所述的方法，包括检测待识别的所述蛋白中至少17个所述预定蛋白氨基酸的存在。