[发明专利]发现治疗靶标的方法

说明书

交叉引用

本申请要求在2012年9月5日提交的名称为“发现治疗靶标的方法”的美国临时申请号61/696,873和在2013年8月29日提交的名称为“免疫特征分析：通向早期诊断和健康监测的途径”的美国申请号14/014,168的权益，这些专利申请通过引用整体并入本文。本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同特别且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而并入。

背景技术

诸如DNA、RNA、蛋白质、抗体和肽微阵列等高通量技术通常用于调查药物治疗、疾病、转基因动物等中的差异。对从此类高通量技术获得的数据的解读并非简单的过程：需要创建、开发和优化特殊的算法用于分析。此外，当前技术的局限性阻碍了其应用于靶标鉴定筛选。

发明内容

在一些实施方案中，本发明包括一种筛选治疗靶标的方法，该方法包括：a)使肽阵列与来自具有感兴趣的已知状况的个体的第一生物样品接触；b)检测所述第一生物样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第一免疫特征谱(immunosignature profile)；c)使肽阵列与来源于没有已知状况的个体的对照样品接触；d)检测所述对照样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第二免疫特征谱；e)将所述第一免疫特征谱与所述第二免疫特征谱进行比较，并鉴定与所述第二免疫特征谱相比在所述第一免疫特征谱中结合更少或更多抗体的差异结合的肽；以及f)将与所鉴定的差异结合的肽相对应的蛋白质鉴定为针对感兴趣的状况的治疗靶标。

在一些实施方案中，本发明包括一种鉴定疫苗靶标的方法，该方法包括：a)使肽阵列与来自具有感兴趣的已知状况的个体的第一生物样品接触；b)检测所述第一生物样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第一免疫特征谱；c)使肽阵列与来源于没有已知状况的个体的对照样品接触；d)检测所述对照样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第二免疫特征谱；e)将所述第一免疫特征谱与所述第二免疫特征谱进行比较，并鉴定与所述第二免疫特征谱相比在所述第一免疫特征谱中结合更少或更多抗体的差异结合的肽；以及f)将与所鉴定的差异结合的肽相对应的蛋白质鉴定为针对感兴趣的状况的疫苗靶标。

在一些实施方案中，本发明包括一种鉴定针对癌症的治疗靶标的方法，该方法包括：a)使肽阵列与来自患有感兴趣的已知癌症的个体的第一生物样品接触；b)检测所述第一生物样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第一免疫特征谱；c)使肽阵列与来源于没有已知癌症的个体的对照样品接触；d)检测所述对照样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第二免疫特征谱；e)将所述第一免疫特征谱与所述第二免疫特征谱进行比较，并鉴定与所述第二免疫特征谱相比在所述第一免疫特征谱中结合更少或更多抗体的差异结合的肽；以及f)将与所鉴定的差异结合的肽相对应的蛋白质鉴定为针对感兴趣的癌症的靶标。

在一些实施方案中，本发明包括一种鉴定针对自身免疫病症的治疗靶标的方法，该方法包括：a)使肽阵列与来自患有感兴趣的已知自身免疫病症的个体的第一生物样品接触；b)检测所述第一生物样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第一免疫特征谱；c)使肽阵列与来源于没有已知自身免疫病症的个体的对照样品接触；d)检测所述对照样品中的抗体与所述肽阵列的结合以获得第二免疫特征谱；e)将所述第一免疫特征谱与所述第二免疫特征谱进行比较，并鉴定与所述第二免疫特征谱相比在所述第一免疫特征谱中结合更少或更多抗体的差异结合的肽；以及f)将与所鉴定的差异结合的肽相对应的蛋白质鉴定为针对感兴趣的自身免疫病症的靶标。

附图说明

图1为显示自身蛋白质/抗原如何能在随机序列肽微阵列中引起免疫特征的上调和下调的途径。

图2为盒型图，其显示了2组I型糖尿病患者在具有高和低GAD-65RIP滴度时的13种肽的强度。

图3为免疫特征阵列上的肽强度与抗GAD滴度之间的关系的线性回归分析。

图4为鉴定KSFHGRVIQDVVGEPYGGSC(SEQ ID NO.1)为感兴趣的肽。A图为示出了野生型小鼠与转基因小鼠的归一化强度的生物信息学平均值之间的肽关系的图。B图为线图，其中将单个小鼠的归一化的强度绘制为线图。B图中的线代表各个单个肽。

图5对应于肽KSFHGRVIQDVVGEPYGGSC(SEQ ID NO.1)与排在前两位的小鼠蛋白质组候选物的BLAST比对。A图对应于最可能的匹配即p190RhoGAP的BLAST比对。B图对应于tubby候选基因的BLAST比对。