[发明专利]使用具有患者特异性的相关性评价的变体-疾病关联性的诊断基因分析

说明书

技术领域

下文涉及基因分析领域、医学领域，并涉及相同领域的应用，诸如包括肿瘤学领域、兽医学领域等的医学领域。

背景技术

全基因组关联性(GWA)研究检查不同个体的基因组中的变体，以识别在不同个体中发现的变体与其表型(诸如疾病易感性)之间的关系。不同变体则与不同性状(诸如疾病)相关联。这种临床研究识别随后能够在患者中被检测到的变体，并因此能够作为对关联的疾病(或其他表型特性)的指示。

在人类中，GWA研究已经引起对带有疾病的特定基因的关联性的发现，诸如作为老年性黄斑变性和糖尿病所公知的眼病。通常在这些研究中，成百上千的个体被测试了在他们基因组中的成百上千的变体。变体通常是单核苷酸多态，或SNP。超过1200个人类GWA研究已经检查了超过200种疾病和性状，并发现将近4000种的SNP关联性。

下文设想了克服上述局限性的改进的装置和方法及其他方面。

发明内容

根据一个方面，一种非暂态存储介质存储由电子数据处理设备可执行的指令，以执行一种方法，所述方法包括：识别诊断对象基因数据中的研究基因变体，所述诊断对象基因数据通过临床研究与表型特征相关联；识别与所述研究基因变体在功能上相关的一组多态；针对该组多态计算在诊断对象基因数据中观察到的变体的前景分布；针对该组多态计算在临床研究的对象的基因数据中观察到的变体的背景分布；计算比较所述前景分布与所述背景分布的比较度量；以及基于所述比较度量对所述研究变体与所述诊断对象的相关性进行量化。

根据另一方面，一种装置，包括：如前一段落中所提出的非暂态存储介质；以及电子数据处理设备，其被配置为执行存储在所述非暂态存储介质上的指令。

根据另一方面，一种方法，包括：识别与在诊断对象基因数据中观察到的研究基因变体在功能上相关的一组多态，所述诊断对象基因数据通过临床研究与表型特征相关联；针对该组多态计算在诊断对象基因数据中观察到的变体的前景分布；针对该组多态计算在临床研究的对象的基因数据中观察到的变体的背景分布；以及计算比较前景分布与背景分布的比较度量。识别一组多态、计算前景分布、计算背景分布以及计算比较度量由电子数据处理设备适当地执行。

一个优点在于针对总体上公知的基因变体提供患者特异性的相关性评价，以与疾病或其他表型特征相关联。

另一优点在于使用基因标记的更精确的临床测试。

对于本领域普通技术人员，在阅读下文的详细描述的情况下，许多额外的优点和益处将变得显而易见。

附图说明

本发明可以采取各种部件和部件布置，以及各种处理操作和处理操作布置的形式。附图仅用于说明优选实施例的目的，不应被解释为限制本发明。

图1示意性地示出了用于分析患者基因数据集以检测患者中的疾病或其他表型特征的系统。

图2-图6示意性地示出了图1的系统的选定的部件的细节图。

具体实施方式

基因评价通常包括采集患者基因数据，并将其与具有如由临床研究所指示的疾病关联性(或其他表型关联性)的基因变体进行比较。通过示例性范例的方式，所采集的患者基因数据可以包括全基因组序列(WGS)(通常被视为包括至少90％的核DNA含量，更典型地，包括95％或更多核DNA含量，并且任选地还包括RNA或其他基因测序数据)、包括小于WGS的基因测序数据、使用微阵列采集的基因数据，例如具有成百上千的单核苷酸多态(SNP)测量值(可能包括基因表达(即蛋白质组)形式的基因数据、信息)等。对于诸如通过高通量基因测序或微阵列处理产生的大量患者基因数据集，数以千计的基因变体可以在患者基因数据中被观察到。通常，几十到几百个这些变体已经被预先确定为是在某些GWA研究中相关联的疾病。