[发明专利]用于标靶核酸富集的组合物、方法、系统和试剂盒

说明书

相关申请的交叉引用

本申请根据35 U.S.C.§119(e)要求2012年10月15日提交的美国临时申请第61/714,206号和2013年2月13日提交的标题是“用于标靶核酸富集的组合物、方法、系统和试剂盒(COMPOSITIONS,METHODS,SYSTEMS AND KITS FOR TARGET NUCLEIC ACID ENRICHMENT)”的美国临时申请第61/764,122号的优先权益，所述临时申请的公开内容以全文引用的方式并入本文中。

技术领域

本文中提供用于使标靶核酸分子从样品富集的方法、试剂盒、组合物和设备。还提供用于从样品分离核酸分子的方法、试剂盒、组合物和设备。本发明大体上涉及用于使核酸分子正规化的方法、试剂盒、组合物和设备。

背景技术

在下游应用(例如克隆和核酸测序)之前，经常需要包括使标靶核酸分子从样品或反应混合物富集的样品制备。典型地，此类下游应用以高通量形式执行，增加用于在此类技术之前的样品制备的劳动、时间和试剂成本。此类应用经常需要核酸分子样品输入的起始量和/或浓度在最优工作范围内正规化(或标准化)。举例来说，许多应用需要在分析可以执行之前使核酸样品正规化，此类正规化的目的是使每个样品内的核酸分子的数目(或核酸分子的浓度)与彼此实质上相等。这些定量和正规化步骤极其耗时并且冗长；并且滥用实验室资源，因为待定量和/或正规化的标靶核酸库的数目增加。典型地，为了定量标靶核酸库，稀释每个样品的等分试样，并且测定核酸浓度。如果任一个或两个样品的浓度与可接受的工作范围显著不同，那么可以将样品稀释或以其它方式调节到可接受的起始量或浓度。在一些情况下，在正规化过程期间将核酸浓度调节为与彼此实质上相等。此过程称为“正规化”，导致产生具有实质上相等数目(或浓度)的核酸分子的正规化样品。此类定量和/或正规化过程，除了是劳动密集的之外，还妨碍其它下游过程可以开始的速度。在一些情况下，定量并且正规化数千个标靶核酸库所需的时间可以最终影响测序数据可以由此类下游过程获得的速度。因此，需要的是一种改进的使一个或多个样品内的核酸分子的起始数目和/或浓度正规化的方法。还需要的是一种从引物延伸反应混合物纯化延伸的引物产物的方法。此外，需要一种用于从样品分离特定量的核 酸的方法。

附图说明

并入到说明书中并且形成说明书的一部分的随附图式说明一个或多个例示性实施例并且用以解释各个例示性实施例的原理。图式仅是例示性并且解释性的，并且不应理解为以任何方式限制或约束。

图1是描绘标靶核酸分子富集方法的非限制性实施例的示意图。

图2是描绘使用标靶核酸分子富集方法的非限制性实施例获得的例示性结果的示意图。

图3是描绘使用标靶核酸分子富集方法的非限制性实施例获得的例示性结果的示意图。

图4是描绘使用标靶核酸分子富集方法的非限制性实施例获得的例示性结果的示意图。

图5是描绘使用标靶核酸分子富集方法的非限制性实施例获得的例示性结果的示意图。

具体实施方式

本文中提供用于使标靶核酸分子从样品富集的方法、试剂盒、组合物、系统和设备。在一些实施例中，本发明大体上涉及一种用于使反应物中的一种或多种标靶核酸分子的浓度正规化的方法，其包含：通过使包括一群标靶核酸分子的样品与固定并且有限量的捕获寡核苷酸在其中所述捕获寡核苷酸与所述标靶核酸分子中的至少一些杂交的条件下接触，来产生一群结合的标靶核酸分子；和通过捕获相当大部分的所述结合的标靶核酸分子群体，来形成一群捕获的标靶核酸分子，其中捕获的标靶核酸分子的数目与捕获寡核苷酸的所述固定并且有限量成正比。在一些实施例中，所述用于使一种或多种标靶核酸分子的浓度正规化的方法包括引物，所述引物具有由不可复制部分间隔开的第一引物序列和第二引物序列；捕获寡核苷酸；和结合剂。在一些实施例中，所述方法、试剂盒、组合物和设备可以用以正规化宽输入范围的核酸分子，使得富集的核酸分子的数目与捕获寡核苷酸的数目成正比。在一些实施例中，本发明涉及使标靶核酸富集的方法，其通过消除当前富集方法中所存在的一个或多个清除步骤、洗涤和/或萃取步骤来进行。