[发明专利]用于临床决策支持的系统和方法

说明书

本文描述了基于生物标志物(例如但不限于肿瘤和基于生殖细胞的基因组变异)的可行治疗选择的优先化排序的系统和方法。所述系统和方法可由此确立根据患者定制(特别是根据他/她的临床、分子和/或遗传状态)的治疗选择。此外，所述系统和方法提供了以临床和分子知识的抽提和情景化为基础的可行治疗选择的优先化排序的方式。所述系统收集和/或获取生物标志物信息，并且将所述信息转化成对于特定患者病例确立的优先化排序的临床可行选择。

技术领域

本公开内容涉及用于基于挖掘的生物医学数据对可行治疗选择进行优先化排序的方法和系统。

背景技术

存在大量有关人类疾病病因和进展的出版物，它们中的许多提供了疾病、生物标志物、治疗和结果之间关系的信息。许多出版物进一步讨论了多种分子实体，例如蛋白质、小分子如代谢物、营养物、药物、转运体、酶、复合体和/或通路。此外，随着谱图技术中正在发生的革命性进展，新文献的量正持续增加。对于这样大量的数据，研究者很难容易且快速地进行分析，而且临床医师很难确定和/或判断患者的个体化治疗选择。

发明内容

本文描述了基于生物标志物(例如但不限于肿瘤和基于生殖细胞的基因组变异)对可行治疗选择进行优先化排序的系统和方法。所述系统和方法可由此确立根据患者遗传数据定制(特别是根据他/她的临床、分子和/或遗传状态)的治疗选择。此外，所述系统和方法提供了以临床和分子知识的抽提和情景化为基础的可行治疗选择的优先化排序的方式。所述系统收集和/或获取生物标志物信息，并且将所述信息转化成对于特定患者病例确立的优先化排序的临床可行选择。

在第一方面，本公开内容涉及基于对生物标志物信息的分析对患者治疗选择进行优先化排序的方法。所述方法包括获取患者的一组一个或更多个生物标志物的测量结果。所述方法还包括在数据库中确定与一个或更多个生物标志物的所述组中的任一个相关联的多种治疗。所述方法还包括对所确定的多种治疗中的每种生成评分，所述评分基于

a)所述一个或更多个生物标志物中每个的预测规则是否与对治疗的响应、对治疗的抵抗、或由治疗引起的副作用风险相关。

所述方法还包括根据所生成的评分对所确定的多种治疗中的至少一部分进行排序，从而提供对于患者的治疗选择或治疗禁忌的优先化排序。

为了确立对于患者有期望的治疗，检查在患者中发现的(例如在患者的肿瘤或在患者的正常对照组织中发现的)任何生物标志物(例如突变)是否指示使用任何治疗的患者结果是有用的。本发明人重复地观察到，在实践中，一些生物标志物(例如，特定突变)被观察到与针对一些治疗(通常在相同适应症中)的应答和抵抗均相关。这种表面上矛盾的信息可使得该治疗被划归为可能有效和可能无效二者。本发明对该两难困境提供了有原则的解决方案。

“确定多种治疗”需要确定与一个或更多个生物标志物的所述组中的任一个相关的至少两种治疗。事实上，通过确定将治疗与生物标志物相关联的预测规则来确定治疗。通过根据它们的评分分选所确定的多种治疗，可以容易地传达并且使所述方法的使用者(尤其是患者本人或治疗医师)能够获得治疗优先化排序。

在所述方法的一些优选实施方案中，对于一种治疗确定至少两个不一致的预测规则。这些预测规则甚至可以有关于相同的生物标志物。不一致的预测规则可以是完全矛盾的，从而一个与对治疗的响应相关而另一个与对治疗的抵抗相关，或者，一个与对治疗的响应相关而另一个与由治疗引起的副作用风险相关。所述不一致还可以是不那么根本的，例如一个预测规则预测相比于安慰剂的中度增加的响应率，而另一个规则预测更大的增加。这种不一致可对治疗的优先化排序造成问题，因为分别考虑这两个预测规则的每个可导致不同的治疗排序。

在所述方法的一些实施方案中，生物标志物与对药物治疗的响应相关的预测规则的值被设定为等于1；与对药物治疗的抵抗相关的被设定为等于-1；与由药物治疗引起的副作用风险相关的被设定为等于0和-1之间的确定的负值，特别地是等于-0.2、-0.4、-0.6或-0.8。