[发明专利]熔解曲线分析有效
申请号: | 201380077243.9 | 申请日: | 2013-04-23 |
公开(公告)号: | CN105492624B | 公开(公告)日: | 2019-10-18 |
发明(设计)人: | T·冯莱伯;J·库克拉;D·科昂 | 申请(专利权)人: | 恩姆菲舍尔科技公司 |
主分类号: | C12Q1/6827 | 分类号: | C12Q1/6827;G16B25/00 |
代理公司: | 北京世峰知识产权代理有限公司 11713 | 代理人: | 卓霖;许向彤 |
地址: | 芬兰*** | 国省代码: | 芬兰;FI |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 熔解 曲线 分析 | ||
1.一种用于分析熔解曲线的方法,所述熔解曲线表征溶液的熔解,所述溶液包含核酸分子的一个或多个种群和恒定数量的至少第一类型的荧光基团,所述方法包括:
获得在温度范围内熔解曲线数据的荧光信号描述,荧光信号表示由所述荧光基团发射的作为温度函数的光强度;
在所述温度范围内的多个温度下将所述荧光信号建模成为第一信号分量和一组一个或多个第二信号分量的总和,所述第一信号分量表示在给定温度下由所述溶液中的所述第一类型的未结合荧光基团发射的组合光强度,每个第二信号分量分别表示在所述给定的温度下由结合到相应核酸分子种群的所述荧光基团发射的组合光强度,
其中,所述第一信号分量被提供作为第一项和第二项的乘积,所述第一项表示在所述给定温度下所述第一类型的未结合荧光基团的相对数量,所述第二项表示在所述给定温度下所述第一类型的未结合荧光基团的发射效率,并且
其中每个第二信号分量均被提供作为相应的第三项和相应的第四项的乘积,所述第三项表示在所述给定温度下结合到相应核酸分子种群的所述荧光基团的相对数量,并且所述第四项表示在所述给定温度下结合到相应核酸分子种群的所述荧光基团的发射效率;和
利用数值分析来确定在所述多个温度下所述第一项、所述第二项、所述第三项和所述第四项的值,使得所述荧光信号和模仿的荧光信号之间的差满足预定标准,
其中利用数值分析包括:
在所述多个温度下将所述项中的至少一项设置为预定值,和
在所述多个温度下采用数值分析确定其它项的值。
2.根据权利要求1所述的方法,其中建模所述荧光信号还包括
将每个所述第三项建模为在所述给定温度下用于相应核酸分子种群的结合位置的总体数量和第一参数函数的值的乘积,所述第一参数函数是所述结合位置的总体数量的占用水平的描述,所述第一参数函数是所述溶液中的未结合荧光基团的相对数量的函数,
其中所述结合位置的总体数量是由第二参数函数确定的,所述第二参数函数是相应核酸分子种群的熔解概率的描述,所述第二参数函数是温度的函数,并且
其中确定每个所述第三项的值包括确定所述第一参数函数和所述第二参数函数的参数值。
3.根据权利要求2所述的方法,其中所述第二参数函数是呈现S形形状的函数。
4.根据权利要求3所述的方法,其中所述第二参数函数被定义为:
其中T表示给定的温度,参数Ni,0表示在已经基本上发生任何熔解以前,相应核酸分子种群的结合位置的总体数量,参数Tm,i表示相应核酸分子种群的平均熔解温度,并且参数σi表示用于相应核酸分子种群的熔解宽度,并且其中erf(x)是误差函数。
5.根据权利要求2至4中的任一项所述的方法,其中所述第一参数函数被定义为
其中,n0表示在溶液中的所述第一类型未结合荧光基团的相对数量,并且参数γi表示用于相应核酸分子种群的填充平衡系数。
6.根据权利要求1至4中的任一项所述的方法,其中建模所述荧光信号进一步包括:
由第三参数函数建模所述第二项,所述第三参数函数是所述第一类型的未结合荧光基团的发射效率的描述,所述第三参数函数是温度的函数,和
由相应的第四参数函数建模每个所述第四项,所述第四参数函数是结合到相应的核酸分子种群的所述荧光基团的发射效率的描述,所述第四参数函数是温度的函数,
其中确定用于所述第二项的值包括确定所述第三参数函数的参数值,并且其中确定用于每个所述第四项的值包括确定用于相应第四参数函数的参数值。
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