[发明专利]西瓜雌性系基因ClWIP1与染色体易位及连锁标记

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及西瓜雌性系基因ClWIP1与染色体易位及连锁标记，包括：西瓜雌性系基因gy基因ClWIP1的DNA序列及其获得方法、与其连锁的分子标记及其获得方法、和导致西瓜雌性系出现的染色体易位区段及其获得方法。 

背景技术

西瓜(Citrullus lanatus)为葫芦科黄瓜属一年生蔓生草本植物，是一种国内外广泛栽培的重要经济作物。我国自汉代以来就有种植西瓜的历史，是世界上最早栽培西瓜的国家之一，也是目前世界上西瓜栽培面积最大、产量最高的国家。 

西瓜是植物性别分化机理研究的模式作物，研究西瓜性别机制有助于植物性别分化研究发展，并能提高育种效率、降低育种成本。西瓜植株的主要性型有：雌雄异花同株、雄花完全花同株(雄完株系)、雌性系和完全花系。前人的研究表明有两个主效基因控制西瓜性型分化，分别为a基因和gy基因，其中a基因主要控制雌花中雄蕊的发育，gy基因主要控制雄花中雌蕊的发育。其基因型分别为：A-Gy-形成雌雄异花同株、aaGy-为雄完株、A-gygy雌性系和aagygy完全花系。两个基因的共同作用决定了西瓜植株的性别发育模式。 

gy基因在西瓜性别发育模式中具体相当重要的作用，它的作用与否决定着西瓜雌性系植株是否出现。西瓜雌性系是一种极为罕见的性型，目前仅在我国发现了雌性系自然突变体XHBFGM。它是雌雄异花同株性型材料XHBMB自然变异所得的。雌性系在育种中具有相当大的作用，它有利于降低育种人工成本、提高种子纯度，具有很高的经济价值。故对于gy基因展开研究具有相当大的理论和实践意义。 

全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。全基因组重测序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)，插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV，Structure Variation)位点。随着西瓜全基因组测序及重测序的深入，大大缩短了克隆西瓜功能基因的时间，对本发明 提供了巨大的帮助。 

目前的科研工作中，尚未实现基于全基因组重测序获得的SNP/InDel差异位点设计标记对西瓜gy基因进行精细定位，并在定位的基因区中发现gy基因候选基因，也尚未对候选基因在其他群体中进行验证，并最终获取西瓜gy基因。 

发明内容

本发明的目的是提供西瓜雌性系基因ClWIP1与染色体易位及连锁标记，包括：西瓜雌性系基因gy基因ClWIP1的DNA序列及其获得方法、与其连锁的分子标记及其获得方法、和导致西瓜雌性系出现的染色体易位区段及其获得方法。 

本发明的目的是通过以下技术方案实现的： 

与西瓜雌性系基因gy基因ClWIP1连锁的分子标记，具有序列表中的SEQ ID NO:1～6的核苷酸碱基序列。 

西瓜雌雄系基因gy基因ClWIP1的DNA序列，具有序列表中的SEQ ID NO:7的核苷酸碱基序列。 

导致西瓜雌性系出现的染色体易位区段，是野生型材料XHBMB的2号染色体(Chr.2)末端1065957bp(Chr.2：33348296..34414252)的DNA序列，和3号染色体(Chr.3)前端4043236bp(Chr.3:1..4043236)的DNA序列。 

进一步地，染色体易位后Chr.2³的易位断点位置，即西瓜雌性系材料的Chr.2的易位断点位置，具有序列表SEQ ID NO:8所述的DNA序列； 

染色体易位前Chr.2的以为断点位置，具有序列表SEQ ID NO:9所述的DNA序列； 

染色体易位后Chr.3²的易位断点位置，即西瓜雌性系材料的Chr.2的易位断点位置，具有序列表SEQ ID NO:10所述的DNA序列； 

染色体易位前Chr.2的易位断点位置，具有序列表SEQ ID NO:11所述的DNA序列。 

本发明的目的是通过以下另一技术方案实现的： 

所述的与西瓜雌性系基因gy基因ClWIP1连锁的分子标记的获得方法，包括以下步骤： 

A、基因定位所用供试材料选取：