[发明专利]长FISH探针的合成

说明书

本发明涉及长FISH探针的合成，具体地提供了一种方法，其包括：合成包含与染色体中的独特序列杂交的探针序列的一组重叠的寡核苷酸；以一定方式组装所述重叠的寡核苷酸从而产生一个或多个双链多核苷酸，每个双链多核苷酸均包含多个探针序列；标记该一个或多个双链多核苷酸而产生一个或多个标记探针；和将所述标记探针与完整染色体原位杂交。

背景技术

染色体重排、缺失和其它畸变久已被与遗传疾病关联。染色体结构异常经常起因于同源重组中的错误。非整数倍性(Aneuploidy)，也称作数目异常(numericalabnormality)，其中细胞中的染色体含量异常，可能由于减数分裂期间染色体不分离而发生。在Edwards、Patau和唐氏综合征中会见到三倍体，其中存在染色体的三个拷贝，而不是通常的两个。结构异常和非整数倍性可能在配子(gamete)中出现，因此可能存在于受影响的人体的所有细胞中，或者它们也可以在减数分裂期间出现，导致同时具有一些正常细胞和一些异常细胞的遗传嵌合(mosaic)个体的产生。

基因组不稳定性还会在某些细胞中，例如癌细胞中，造成复杂的染色体重排模式。常规细胞遗传学测定法，例如吉姆萨(G)条带分析，已经在癌细胞中鉴定了大量的癌症特异性易位和染色体异常，例如费城(t9,22)染色体。唐氏综合征(三体)、Jacobsen综合征(缺失)和伯基特氏淋巴瘤(易位)在传统上是通过核型分析(karyotype analysis)进行研究的。

细胞遗传条带分析(cytogenetic banding)和可视化(visualization)，例如M条带和光谱核型分析(spectral karyotyping)(SKY)的进步已经使得人们能够对颠换和易位进行细致的分析，并能够鉴定感兴趣的癌症中染色体材料的失衡增加或缺失。荧光原位杂交(FISH)进一步使得人们能够使用仅与染色体中显示高度互补性的区域结合的荧光探针来检测染色体上特定DNA序列的存在或缺失。

在开发用于检测染色体异常的技术方法方面，还存在很大的、未能满足的需求。

发明内容

提供了一种方法，其包括：a)合成一组重叠的寡核苷酸，该组重叠的寡核苷酸包含与染色体中的独特序列杂交的探针序列；b)以一定方式组装这些重叠的寡核苷酸从而产生一个或多个双链多核苷酸，其中每一个均包含多个探针序列；c)标记该一个或多个双链多核苷酸而产生一个或多个标记探针；和d)将所述标记探针与完整染色体原位杂交。所述一个或多个双链多核苷酸可以通过多种不同的方式，例如通过连接或通过聚合酶链式组装(polymerase chain assembly)，从所述重叠的寡核苷酸制备。

附图简述

图1是示意性图解本文所述探针合成方法的某些一般特征的图。

图2是示意性图解本方法的一个实施方案的图。

图3是示意性图解本方法的另一个实施方案的图。

图4是示意性图解本方法的另一个实施方案的图。

定义

如本文中所使用的，术语“样品”是指含有一种或多种感兴趣的被分析物的材料或材料混合物，其通常是，但不一定是液体形式。

如本文中所使用的，术语“基因组样品”是指含有来自生物体的遗传材料的材料或材料混合物。如本文中所使用的，术语“基因组DNA”是指从生物体获得的脱氧核糖核酸。术语“基因组样品”和“基因组DNA”涵盖可能已经过扩增、纯化或断裂的遗传材料。如本文中所使用的，术语“测试基因组”是指在某个研究中感兴趣的基因组DNA。