[发明专利]以痕量DNA为基础的二代测序文库构建方法有效
申请号: | 201410158326.7 | 申请日: | 2014-04-18 |
公开(公告)号: | CN103938277A | 公开(公告)日: | 2014-07-23 |
发明(设计)人: | 杨祖玉;王开乐;吴大飞;吕雪梅;吴仲义 | 申请(专利权)人: | 中国科学院北京基因组研究所 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/68 |
代理公司: | 北京市诚辉律师事务所 11430 | 代理人: | 郎坚;唐宁 |
地址: | 100101 北京*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 痕量 dna 基础 二代 序文 构建 方法 | ||
1.本发明涉及一种针对痕量DNA样品,构建二代测序文库的方法,其特征在于,该方法包括如下步骤:
步骤(1)、细胞分离及细胞总DNA提取;
步骤(2)、构建Inserting DNA1与Inserting DNA2插入序列双链;
步骤(3)、以步骤(2)所获得的插入序列双链组装插入复合体;
步骤(4)、以插入复合体打断待测DNA,PCR扩增测序片段;
步骤(5)、回收扩增的PCR片段,并进行测序建库工作。
2.根据权利要求1所述的制备方法,其特征在于,步骤(2)所述的Inserting DNA1的结构包含测序系统插入结构单元,测序primer1;Inserting DNA2的结构包含测序系统插入单元,测序primer2,DNA分子随机标签,样品Barcode,及用于和测序primer3配对的序列。
3.根据权利要求1所述的制备方法,其特征在于,步骤(1)所述的细胞样本来源于个体化的病理组织,正常生理组织,血液样本,皮肤及毛发,优选来源为临床肿瘤样本,每个样本包含10,000-20,000个细胞。
4.根据权利要求3所述的制备方法,其特征在于,步骤(1)所述的总DNA提取步骤为:对细胞样本进行裂解,吸附柱吸附DNA,漂洗,洗脱等,所获得的DNA溶于20ul水中。
5.根据权利要求1-4任一所述的制备方法,其特征在于,上述步骤(5)的操作步骤为,使用琼脂糖凝胶电泳步骤(4)PCR扩增获得的DNA片段,将大小在目标区域的DNA片段切下,并回收其中的DNA,获得的DNA片段即可用于二代测序或进行目标区域捕获后测序。
6.根据权利要求2所述的制备方法,其特征在于,所述的DNA分子随机标签为6~20个随机碱基,用于标定每一个原始的DNA分子。
7.根据权利要求1所述的制备方法,其特征在于,
步骤(2)所述的Inserting DNA1的结构依次包含原EZ-Tn5TM转座酶测序系统adapter1,测序primer1,EZ-Tn5转座子序列;Inserting DNA2的结构依次包含原EZ-Tn5TM转座酶测序系统adapter2,测序primer2,DNA分子随机标签,样品Barcode,及用于和测序primer3配对的序列,EZ-Tn5转座子序列;
步骤(3)所述的插入复合体的构建方法为,将步骤(2)所述的Inserting DNA1和Inserting DNA2、以及甘油、EZ-Tn5TM转座酶在PCR管内混匀,置于PCR仪器上,温育。
步骤(4)所述的插入复合体打断待测DNA的方法为,在PCR管中加入步骤(3)构建的插入复合体、基因组DNA、打断缓冲液混匀并置于PCR仪上,温育。
8.权利要求1-7任一所述的建库方法在制备针对特异性疾病的诊断试剂盒中的应用。
9.权利要求1-7任一所述的建库方法在制备以痕量DNA样本为基础的二代测序试剂盒中的应用。
10.由权利要求8所述的方法制备获得的诊断试剂盒。
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