[发明专利]一种丙型肝炎病毒基因分型的试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及一种疾病病原体基因检测技术，尤其涉及一种丙型肝炎病毒基因分型检测的试剂盒，用于检测国内发生的丙型肝炎病毒的1a、1b、2a、2b、3a、3b和6a型别感染的辅助诊断。

背景技术

丙型肝炎呈世界性分布，人群普遍易感，是严重危害人类健康、流行范围广泛的传染病，其病原体为丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)。目前，其感染率为0.1％-10％，平均为3％。全球有超过1.7亿人感染HCV，其中每年有超过10万例HCV患者发展为肝癌，进而出现消化道出血及腹水。根据WHO2002年年报，在2001年，慢性肝病引起1400万例死亡，包括79.6万例由肝硬化引起、61.6万例由原发性肝癌引起。HCV是正性单链RNA病毒，包括9400左右核苷酸数目。HCV基因组具有一个单独的开放阅读框，基因结构由5’-NCR-C-E1-E2-NS1-NS2-NS3-NS4-NS5-N-CR-3’组成，编码一具有3010个氨基酸的多聚蛋白体，翻译后被分为病毒复制和病毒粒形成所必须的结构和非结构蛋白。HCV具有高度的变异性和本身具有负选择作用的特征，高突变是由于复制酶无校正功能；易误性RDRP(error-prone RDRP，EP-RDRP)的存在以及正选择作用等原因。而其本身具有负选择作用又表现为：病毒基因组中各种基因结构及功能不同，有些区域高度保守。根据全世界不同地区分离的HCV不同株的全部或部分基因组的系统进化分析，HCV分为6种主要的基因型(以1-6表示)，各型又分亚型(以a、b、c等表示)。HCV亚型已经超过100个，其中最常见的是1a，1b，2a，2b，3a，3b，6a，各型核酸序列之间相差31－34％，氨基酸序列相差大约30％，而亚型序列之间相差约20－23％。有几种HCV病毒株主要从东南亚被分离出，被命名为HCV7，8，9，10，11型，除了HCV10a型(目前被列入HCV3型)，由于其系统进化上的相似性，其余各型被列入HCV6型。

研究表明，HCV不同型别之间对干扰素治疗的敏感度不一，特别是1型较其它型别敏感度尤为差。不同型别HCV感染性肝炎，其急性、慢性的中度及重度、肝炎后肝硬化及原发性肝癌发生率都有不同，HCV基因型与丙型肝炎患者临床病情及其严重程度密切相关。鉴于不同HCV基因型感染者的临床表现、肝病严重程度及慢性化病程进展均有差异，抗病毒治疗的效果也不同。因此检测HCV基因型有助于判断治疗的难易程度、制定个体化抗病毒治疗方案。

目前对HCV基因分型方法主要有：限制性长度多态性分析法(RFLP)，基因型特异性引物PCR法，基因型特异性探针核酸杂交分析法，直接测序法等方法，但是这些方法大多存在操作繁琐，对设备要求高，检测时间长，通量低，还存在灵敏度低，特异性不高等缺点。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种检测的时间短、通量高、灵敏度高、特异性高的HCV基因分型的试剂盒。

为解决上述问题，本发明公开一种丙型肝炎病毒基因分型的试剂盒，一种丙型肝炎病毒基因分型的试剂盒，包括PCR反应液和DNA杂交膜条，所述DNA杂交膜条包括尼龙膜，所述尼龙膜上固定有探针，所述探针为分别与丙型肝炎病毒各种亚型病毒的核酸杂交的核苷酸，所述探针序列如下所示：

针对HCV1a型设计探针Y1：5’-GCAGGGGCCCTAGATTGGGT-3’；

针对HCV1b型设计探针Y2：5’-CGTGGAAGGCGACAACCTA-3’；

针对HCV1b型设计探针Y3：5’-AACCTCGTGGAAGGCGACAACC-3’；

针对HCV2a型设计探针Y4：5’-ATTGCCGGGAAGACTGGGTC-3’；

针对HCV2a型设计探针Y5：5’-ACTTCGGAGCGGTCCCA-3’；

针对HCV2b型设计探针Y6：5’-CAGCCCATCCCGAAAGATCGG-3’；

针对HCV2b型设计探针Y7：5’-GAATTACCGGAAAGACTGGGT-3’；

针对HCV3a型设计探针Y8：5’-AATCGCTGGGGTGACCGG-3’；

针对HCV3a型设计探针Y9：5’-TCTGAACGGTCACAGCCTC-3’；

针对HCV3a型设计探针Y10：5’-CCCGCGAGATCACTAGCC-3’；

针对HCV3b型设计探针Y11：5’-CGCTCAATGCCCGGAAATT-3’；