[发明专利]鼠多瘤病毒衣壳粒的新型亲和肽配基及其设计筛选方法

权利要求书

1.鼠多瘤病毒衣壳粒的新型亲和肽配基，其特征为：DWDLRLLY、DWDLRLIY、DWNLRLIY、DWFLNLFY、DWSLKLVY、DWSLRLKY和DWNLHLPY。

2.权利要求1的鼠多瘤病毒衣壳粒的新型亲和肽配基的设计筛选方法，其特征是依据天然存在的衣壳粒和次要衣壳结构蛋白VP2-C复合物晶体结构，构建衣壳粒的新型肽配基库，特征序列为DWXLXLXY，其中X代表除去半胱氨酸以外的19种氨基酸。

3.如权利要求2所述的设计筛选方法，其特征是利用分子动力学模拟/泊松-波尔兹曼溶剂可及表面积计算解析VP2-C与衣壳粒复合物的分子作用机理，确定疏水作用占主导，而VP2-C中对结合起重要贡献的关键残基为V283、P285、D286、W287、L289、L293和Y296。

4.如权利要求2所述的设计筛选方法，其特征是多肽库构建依据为VP2-C中5个关键残基：D286、W287、L289、L293和Y296；在肽库的范围内，利用氨基酸定位法构建候选多肽分子库。

5.如权利要求2所述的设计筛选方法，其特征是通过分子对接筛选、均方根偏差比较以及分子动力学模拟结合自由能计算，进行鼠多瘤病毒衣壳粒的高亲和性肽配基的筛选。

6.如权利要求5所述的设计筛选方法，其特征是利用VINA分子对接软件将肽配基库中的肽配基依次与鼠多瘤病毒衣壳粒进行对接，选取结合自由能低于-6.5kcal/mol的肽配基，共计1158条。

7.如权利要求5所述的设计筛选方法，其特征是利用GROMACS分子模拟软件自带的g_rms程序计算VINA对接得到的1158个肽配基与VP2-C中相应的关键残基之间的均方根偏差，选择334个肽配基进行研究。

8.如权利要求5所述的设计筛选方法，其特征是根据C末端方向对334个肽配基继续筛选，选取C末端方向与VP2-C一致的227个肽配基进行ROSETTA FlexPepDock对接实验复筛，选取最优的10条肽配基进行MD模拟。

9.如权利要求5所述的设计筛选方法，其特征是对筛选得到的10条肽配基与鼠多瘤病毒衣壳粒的复合物进行MD模拟，并利用MM/PBSA方法进行自由能计算和分解，进一步评价肽配基的亲和性和特异性，得到具有较高亲和性的7条肽配基：DWDLRLLY、DWDLRLIY、DWNLRLIY、DWFLNLFY、DWSLKLVY、DWSLRLKY和DWNLHLPY。

10.如权利要求2、5所述的设计筛选方法的应用，其特征是所述的多肽库对其修饰改造策略包括：在其N端添加1或多个氨基酸残基；在其C端添加1或多个氨基酸残基；在多肽相邻残基之间添加1或多个氨基酸残基；将多肽中的某一个或某几个残基替换成其他氨基酸残基。