[发明专利]基于核酸序列的蛋白质相互作用检测方法

权利要求书

1.获取蛋白质间相互作用信息的方法，其包括如下步骤：

(1)在宿主细胞中表达融合有DNA结合结构域的目的蛋白质，所述DNA结合结构域二聚化时对相应特异性DNA序列的亲和力显著高于单体时；

(2)在生理状态下用交联剂处理，将宿主细胞中的目的蛋白质二聚体和DNA交联形成复合体；

(3)将DNA打碎成小片段；

(4)分离提取所述小片段，并用DNase I消化；

(5)使用去交联剂处理，将步骤(4)的产物去交联，并纯化得到DNA片段；

(6)检测步骤(5)得到的DNA片段。

2.根据权利要求1所述的方法，所述宿主细胞包括大肠杆菌、酵母、哺乳动物细胞。

3.根据权利要求1所述的方法，所述DNA结合结构域包括λ噬菌体蛋白质CI的DNA结合结构域及其符合权利要求1步骤(1)中所述DNA结合结构域性质的突变体，λ噬菌体蛋白质CRO的DNA结合结构域及其符合权利要求1步骤(1)中所述DNA结合结构域性质的突变体；所述相应特异性DNA序列包括CI结合序列及它们的突变序列，CRO结合序列及它们的突变序列。

4.根据权利要求1所述的方法，所述步骤(2)中使用的交联剂为甲醛。

5.根据权利要求1所述的方法，所述步骤(3)中使用MNase或者超声处理打碎DNA为小片段。

6.根据权利要求1所述的方法，所述步骤(5)中使用的去交联剂为蛋白酶K。

7.根据权利要求1所述的方法，所述步骤(6)中的检测包括基于核酸序列的定性和/或定量检测，所述定量检测包括定量PCR、高通量测序和/或DNA微阵列，所述定性检测包括PCR和/或琼脂糖凝胶电泳。

8.一种用于获取蛋白质相互作用信息的试剂盒，包括：

(1)带有DNA结合结构域和相应特异性DNA序列的表达载体，所述DNA结合结构域二聚化时对相应特异性DNA序列的亲和力显著高于单体时；

(2)宿主细胞；

(3)交联剂及其反应终止液；

(4)打碎DNA的装置或试剂及其反应缓冲液；

(5)DNase I及其反应缓冲液；

(6)去交联剂；

(7)DNA检测装置。

9.根据权利要求8所述的试剂盒，所述交联剂为甲醛，所述交联反应终止液为甘氨酸溶液，所述去交联剂为蛋白酶K，所述打碎DNA的试剂为MNase。

10.根据权利要求8所述的试剂盒，所述DNA检测装置包括定性和/或定量检测装置，所述定量检测装置包括定量PCR装置、高通量测序装置或DNA微阵列检测装置，所述定性检测装置包括PCR装置或琼脂糖凝胶电泳装置。