[发明专利]一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法及其开发的引物

说明书

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种从苎麻基因组中高通量开发SNP标记的方法及其开发的引物。

背景技术

在众多分子标记中，SNP标记是当前研究最多，也是最有前景的分子标记。(唐立群等，SNP分子标记的应用及其研究进展.中国农学通报(28)：154-158.)SNP标记与其它分子标记技术相比，具有基因组数量多、分布广且不需要根据DNA片段大小将DNA分带，既可实现大规模化和自动化，因而更适合于数量庞大的遗传检测分析(刘传光等，水稻单核苷酸多态性及其应用.遗传，2006(28)：737-744.)。因此在植物遗传研究的众多方面受到重视(Schlotterer C.2004.The evolution of molecular markers-just a matter offashion.Nat Rev Genet.5:63-69)。

随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长短特点的新一代测序技术和生物信息学的发展，使得高通量标记开发成为可能。目前，尚未有开发苎麻SNP标记的方法的相关报道。

发明内容

本发明的目的是在于提供一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法及其开发的标记；相对于传统的开发分子标记方法，方法易行，操作简便，效率高，成本低。大批量苎麻基因组SNP的获得，为苎麻分子生物学和遗传学奠定了坚实基础。

一种大批量开发苎麻基因组SNP标记的方法，具体包括如下步骤：

(1)提取2个苎麻品种的DNA；

(2)将苎麻基因组DNA酶切为小片段；

(3)对酶切后获取的小片段进行测序，获得2个品种的SLAF标签；

(4)在步骤(3)获得的2个苎麻品种的SLAF标签中，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签；

(5)对搜寻到的SLAF标签序列进行引物设计，经扩增测序检测，得到的引物即为基因组SNP标记。

步骤(2)中采用RsaI酶对苎麻基因组进行酶切。酶切后获取长度为214-314bp的片段。

步骤(4)中根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析，搜寻具有SNP多态性的SLAF标签。

步骤(5)的引物设计参数：扩增产物长度在100-180bp，引物长度在18-25bp。

采用上述方法设计并经扩增测序检测的10对基因组SNP引物序列如下：

采用SLAF-seq技术开发基因组SNP标记，速度快，成本低，效率高。本发明1个月完成了18062个SNP引物的开发，而且成本仅有1万元，平均开发一个标记的成本不足1元。

具体实施方式

以下结合实施例旨在进一步说明本发明，而非限制本发明。

实施例1

(1)确定酶切方案和切胶范围，测序量等以保证其分子标记开发的密度、均匀性从而确保达到预期的实验目的。

提取苎麻品种中苎1号和合江青麻的DNA。

酶切方案选择

根据近缘物种的选取原则，最终选取物种大麻基因组作为参考基因组进行酶切预测。

苎麻物种信息以及近缘物种信息如下所示：

苎麻信息：基因组大小为716Mb，GC含量为49％；

近缘物种大麻信息：基因组大小为757Mb，GC含量为24％，下载地址：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/Eukaryotes/plants/Cannabis_sativa/canSat3/。

候选酶切方案信息

利用酶切预测软件对大麻基因组进行系统分析，主要根据基因组大小、GC含量、重复序列比例和基因结构特点等信息，设计候选酶切方案。

对近缘物种大麻基因组进行酶切预测，候选酶切方案信息如表1所示：

表1不同切胶范围内酶切结果比较