[发明专利]肝癌基因检测方法、检测试剂盒及其应用

权利要求书

1.肝癌基因检测试剂盒，其特征在于，包括与94个肝癌关联基因的外显子区域和TERT 基因的3个启动子区域相匹配的97个靶向探针。

2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述肝癌关联基因为突变频率在4％以 上、相同基因在3个以上不同群体出现且大小在10kb以下的基因。

3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述肝癌关联基因包括：ADAMTSL3、ADCY2、 AMPH、APC、AR、ARID1A、ARID1B、ARID2、ATAD3B、ATM、AXIN1、AXIN2、BAZ2B、BRAF、BRCA2、 BRD8、BRD9、BRE、C18ORF34、CACNA1C、CACNA2D4、CCNE1、CDH8、CDKN2A、CLIP1、COL11A1、 COL5A3、CPA2、CSMD3、CTNNB1、DCAF4L2、DISC1、DOCK7、DSE、ELM01、EPS15、ERRFI1、FAM5C、 GJA1、GNAS、GPR126、GXYLT1、HDAC9、HIST1H4B、IGF1R、IGSF10、IGSF3、IRF2、ITPR2、 JAK1、KEAP1、KRAS、LIPI、LRP1B、MLL3、MLL4、MXRA5、NFE2L2、OTOP1、PAM、PCDH15、PCDHA13、 PCDHA7、PCMTD1、PDZRN4、PEG3、PIK3CA、PREX2、PROKR2、PTEN、RADIL、RNF43、ROBO2、 ROCK1、RPS6KA3、SAMD9L、SCN3A、SCN8A、SENP5、SLC10A1、SMAD4、SOS1、SPAG17、SYNJ2、 TERT、TMEM170A、TMEM51、TP53、TTLL2、UBR3、USP25、WWP1、ZIC3、ZNF226。

4.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述TERT基因的启动子区域为chr5： 1253287-1253843，1295104-1295162，1295162-1300162。

5.权利要求1至4任一项所述试剂盒在肝癌诊断中的应用。

6.肝癌基因检测方法，其特征在于，步骤包括：

1)采集患者的肝脏组织样本，进行样本DNA抽提、纯化、质检；

2)对样本DNA进行酶切、杂交、捕获、连接、洗脱、扩增，构建测序样本文库；捕获采 用权利要求1至4任一项所述的试剂盒；

3)检测样本文库的浓度、大小和纯度；

4)测序，数据分析，确定发生突变的基因及突变频率。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在与，数据分析包括：测序结果mapping、单样 本SNV分析、单样本SmallInDel分析、样本间SNV差异分析、样本间SmallInDel差异分 析。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，还包括步骤5)：对数据分析结果进行二 次抽取分析，对该患者的肝癌组织和癌旁组织存在的亚克隆群体进行分类及病理分级。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，分类及病理分级的步骤包括：将每个样本 参加测序的基因组总量与100个细胞的预测基因组量A比较，推测100个细胞应有的测序数 据量a；从总的测序数据中随机抽取10次a，将该10次抽调出来的数据a做相关性分析，再 将最终得到的突变基因突变频率做聚类分析，得出组织中可能存在的克隆群体及其所占比例。