[发明专利]肝癌基因检测方法、检测试剂盒及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测领域，特别是涉及肝癌相关基因的检测试剂盒，该试剂盒在肝癌诊 断中的应用，以及使用该试剂盒进行肝癌相关基因检测的方法。

背景技术

肝癌严重威胁着我国人民的生命健康。肝癌的诊断，尤其早期诊断是临床诊疗和预后的 关键。肝癌的治疗在过去20年来已取得很大的进展，外科手术切除及肝脏移植属于“根治 性”治疗，仍是肝癌治疗的首要选择。随着肝癌早期诊断水平的提高及肿瘤治疗生物学概念 的改变，肿瘤局部非手术治疗在肝癌治疗中的地位日益提高。经导管动脉内化疗栓塞(TACE) 已成为不能切除肝癌治疗的首选方法，是中晚期肝癌治疗的重要手段。但目前肝癌的化疗药 物基本沿用其他肿瘤的治疗药物，针对性差，疗效不佳，而死亡的原因主要与其高度转移特 性有关，常常侵犯肝内血管而后全身转移而导致患者死亡。但导致肝癌转移的分子机制不清 楚，尤其决定肿瘤细胞转移的内在变异基因尚没有确定。而确定关键突变基因将为患者的诊 断、分型和靶向治疗奠定坚实基础。

经数十年的肿瘤研究表明，肿瘤是遗传性疾病，是基因疾病，是基因组不稳定性疾病。 尤其基因组的结构异常，比如体细胞基因的蛋白编码区突变(包括单碱基突变、插入和缺失、 易位等)是肿瘤形成的重要机制之一。这些体细胞的基因突变既能引起癌基因的活性增强， 比如MYC和RAS基因等；也能够使抑癌基因的活性丧失，比如TP53和APC等。一般认为， 肿瘤的发生是一个包含多种遗传学损伤的多步骤过程。这种损伤可以导致细胞逃避正常的生 长控制，也可以激活某种生存机制的通路。研究发现，肿瘤形成至少需要4-5步的遗传学突 变，突变基因涉及约12类信号通路的失调。众多的证据表明，不同的基因突变与患者临床特 征、预后、治疗反应甚至治疗方法密切相关，比如EGFR和B-RAF发生突变，可以选择相应的 抑制剂进行靶向治疗，获得成功。目前，技术的飞速发展给我们深入研究肿瘤带来了新的机 遇，这些技术可以让我们从全基因组的水平全面理解肿瘤的发生发展的分子机制，可以更准 确地发现更多的肿瘤致病基因，尤其突变基因，将为肿瘤诊断指标、分子分型以及药物靶标 的发现等奠定了很好的基础。

发明内容

本发明要解决的技术问题之一是提供一种肝癌基因检测试剂盒，它可以准确、快速地捕 获肝癌关联基因。

为解决上述技术问题，本发明的肝癌基因检测试剂盒，包括与94个肝癌关联基因的外显 子区域和TERT基因的3个启动子区域相匹配的97个靶向探针。

所述的肝癌关联基因为突变频率在4％以上、相同基因在3个以上不同群体出现且小于等 于10kb的基因。包括：ADAMTSL3、ADCY2、AMPH、APC、AR、ARID1A、ARID1B、ARID2、ATAD3B、 ATM、AXIN1、AXIN2、BAZ2B、BRAF、BRCA2、BRD8、BRD9、BRE、C18ORF34、CACNA1C、CACNA2D4、 CCNE1、CDH8、CDKN2A、CLIP1、COL11A1、COL5A3、CPA2、CSMD3、CTNNB1、DCAF4L2、DISC1、 DOCK7、DSE、ELM01、EPS15、ERRFI1、FAM5C、GJA1、GNAS、GPR126、GXYLT1、HDAC9、HIST1H4B、 IGF1R、IGSF10、IGSF3、IRF2、ITPR2、JAK1、KEAP1、KRAS、LIPI、LRP1B、MLL3、MLL4、MXRA5、 NFE2L2、OTOP1、PAM、PCDH15、PCDHA13、PCDHA7、PCMTD1、PDZRN4、PEG3、PIK3CA、PREX2、 PROKR2、PTEN、RADIL、RNF43、ROBO2、ROCK1、RPS6KA3、SAMD9L、SCN3A、SCN8A、SENP5、 SLC10A1、SMAD4、SOS1、SPAG17、SYNJ2、TERT、TMEM170A、TMEM51、TP53、TTLL2、UBR3、 USP25、WWP1、ZIC3、ZNF226。

所述的TERT基因的启动子区域为chr5：1253287-1253843，1295104-1295162， 1295162-1300162。

本发明要解决的技术问题之二是提供上述试剂盒在肝癌诊断中的应用。