[发明专利]基因变异与药物关系数据库和数据库系统

说明书

技术领域

本发明涉及生物信息和数据库，特别是能够提供基因变异与药物关系信息的数据库、其构 建方法及构建装置、数据库系统。

背景技术

在测序技术的发展及询证医学的推动下，基因组学，表达谱等生物信息领域与医学领域交 叉越来越密切。肿瘤的诊断和治疗方案不再是完全依赖传统的表观判断，更多的是通过检测基 因变化提供更可靠的证据。近几十年，大批的科研人员及机构投入到药物与基因组学的研究中， 大量的实验证据产出为基因组变化与药物关系提供了有力的支持。而肿瘤个体化治疗正是在这 些大量的研究数据上建立起来的，为了使药物在临床治疗中更好的发挥作用，减少不良反应的 发生，给患者提供最佳的药物使用方案，根据患者的个体基因型的差异“量体裁衣”，选择特 异和最佳的药物方案进行治疗。个体化治疗帮助患者选择合适的药物，提高治疗的针对性，最 大程度的延长患者的生存期。这类基因检测在临床上的应用，是实现现行医疗模式转变的有效 手段。同时必将大大促进临床合理用药的发展进程，为医药学事业的发展做出贡献。

数据库是信息管理最有效的手段，因此肿瘤个体化治疗解读数据库是个体化治疗知识信息 管理的重要信息传递的方法。基于数据库的使用需要设计数据库，构造最优化的数据库模式， 建立数据库及其调用平台，满足数据库上下游数据的调用，有效的存储数据，数据库信息的挖 掘和更新机制，最终实现用户的信息要求使用和处理。

目前，有一些相关的数据库，但总的来说这些数据库基本上提供的是基因与药物的关系， 而且信息并不是很全面。另外这些数据库对基因，药物的名称，基因变异信息，基因药物的关 系，参考资料都没有统一规范的标准，这对参考数据源可靠性，及信息传递及管理带来很大问 题。这些数据库并不太适用于测序检测得到的基因变异信息对应药物关系的直接解读。

发明内容

本发明一方面提供一种数据库的构建方法，所说的数据库能够提供基因变异与药物关系信 息，该方法包括：接收基因变异和药物关系的初始数据；建立相应于所述初始数据的数据文件， 所述数据文件包括基因变异数据表、药物数据表以及基因变异-药物关系数据表，每个数据表 各自含有多个字段，所述基因变异数据表和所述药物数据表分别与所述基因变异-药物关系数 据表有相同字段，所述每个数据表包含依据各自包含的每个字段建立的索引。

本发明的另一方面，提供一种数据库，该数据库能够提供基因变异与药物关系信息，该数 据库是通过本发明一方面的方法构建获得的。

本发明的再一方面，提供本发明一方面的数据库在确定基因变异与药物关系中的用途，供 于对变异检测结果与药物对应关系的解读。

本发明的又一方面，提供一种自动更新数据库数据的方法，在通过本发明一方面的方法获 得数据库之后，该自动更新方法包括：接收基因变异和药物关系的更新数据；将所述更新数据 辨识为所述初始数据的副本；修改所述数据文件中的记录，以便包含所述更新数据。

本发明的一方面，还提供基因变异与药物关系信息的数据库的构建装置，用于执行实现本 发明一方面的数据库构建方法的全部或部分步骤，该装置包括：数据接收单元，用于接收基因 变异和药物关系的初始数据；数据输出单元，用于输出数据库记录；存储单元，用于存储数据， 包括可执行的程序；处理器，与所述数据输入单元、数据输出单元及存储单元连接，用于执行 所述可执行的程序，所述程序的执行包括完成本发明一方面的数据库构建方法的全部或部分步 骤。

本发明的最后一方面，提供一种数据库系统，该数据库系统包含的数据库能够提供基因变 异与药物关系信息，该系统包括：应用程序接口，用于接收用户检索需求及反馈结果；数据库， 用于对来自应用程序接口的用户检索需求的关键词特征进行匹配，将匹配结果输出至应用程序 接口，所述数据库是利用本发明一方面的数据库构建方法构建获得的。在本发明的一个具体实 施方式中，在从应用程序接口接收用户检索需求后，利用访问控制列表对所述用户检索需求信 息进行检查以控制访问，以进一步对进入该数据库系统的权限进行管理。