[发明专利]一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片、制备方法及用途有效
申请号: | 201410535766.X | 申请日: | 2014-10-11 |
公开(公告)号: | CN104328507A | 公开(公告)日: | 2015-02-04 |
发明(设计)人: | 徐群;韩斌;魏兴华;黄学辉;龚浩;冯跃;袁筱萍;余汉勇;王一平 | 申请(专利权)人: | 中国水稻研究所 |
主分类号: | C40B40/06 | 分类号: | C40B40/06;C12Q1/68 |
代理公司: | 浙江杭州金通专利事务所有限公司 33100 | 代理人: | 刘晓春 |
地址: | 310006 *** | 国省代码: | 浙江;33 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 水稻 品种 鉴定 snp 芯片 制备 方法 用途 | ||
1.一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片,其特征在于:所述SNP芯片包含3072个SNP分子标记,所述3072个SNP分子标记是序列表中的SEQ ID NO.0001~SEQ ID NO.3072。
2.权利要求1所述的SNP芯片的制备方法,其特征在于:包含以下步骤:
(1)通过基于950份水稻栽培品种重测序的数据获得800,000个SNP分子标记;
(2)对步骤(1)所获得的800,000个SNP分子标记根据连锁不平衡筛选具有标记性的SNP,得到10,000个SNP分子标记;
(3)根据步骤(2)所得到的10,000个SNP分子标记的缺失率、位点评分估值、多态值和基因分布等,筛选3072个分子标记;
(4)根据步骤(3)筛选的3072个分子标记设计探针制作SNP芯片。
3.权利要求1所述的SNP芯片在水稻品种真实性鉴定中的应用,其特征在于:所述SNP芯片用于鉴定水稻品种的真实性,即利用所述SNP芯片检测并获得任意两个待测水稻样品的如权利要求1所述的3072个SNP分子标记的基因型,进行比较从而鉴定待测和对照水稻样品为同一品种或不同品种。
4.权利要求1所述的SNP芯片在水稻品种身份鉴定中的应用,其特征在于:所述SNP芯片用于鉴定水稻品种的身份,即利用所述SNP芯片检测并获得待测水稻样品的如权利要求1所述的3072个SNP分子标记的基因型,与已知品种进行比较从而鉴定所述待测水稻样品为哪个水稻品种。
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