[发明专利]一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片、制备方法及用途

说明书

技术领域

本发明涉及一种SNP分子标记组成的芯片产品、制备方法及其在水稻品种鉴定中的应用。

背景技术

水稻是我国最主要的农作物，对保障国家粮食安全起到举足轻重的作用。而种子则是粮食生产的源头，种子分子特征是区别农作物品种的关键因素。随着分子标记技术的发展，DNA标记鉴别农作物品种，是开展品种鉴定、解决品种争议和授予新品种权的依据，也将是促进种业有序竞争的有效手段。

品种分子鉴定是种业健康发展的必然要求：我国目前种子经营主体数量多，假冒伪劣种子禁而不绝，套牌侵权问题突出，种子市场秩序比较混乱，严重侵害了农民和合法经营企业的权益。种子鉴定是种子市场监管和品种审定准入的主要内容。2011年，《国务院关于加快推进现代农作物种业发展的意见》明确提出，建立手段先进、监管有力的种子管理体系，严厉打击套牌侵权、生产经营假劣种子行为，切实维护公平竞争的市场秩序。分子检测技术为解决这一问题提供了有效的途径，可以破解管理技术瓶颈。加快分子检测技术的研发和应用，是当前种子质量管理工作的一项重要而迫切的任务。

SNP鉴定技术是品种鉴定的发展趋势：品种分子检测技术主要有基于RAPD、AFLP、SSR等标记技术。目前最成熟的快速鉴定方法是利用第二代分子标记SSR检测，2007年已经颁布了农业行业标准(NY/T1433-2007)，并建立了一套基于SSR标记的水稻DNA指纹检测技术体系和包含水稻授权品种及部分水稻审定品种的DNA指纹图谱数据库。但该方法在实践过程中也暴露出检测的通量低、较难实现数据整合共享的缺陷，不适应今后品种快速鉴定工作的需要。SNP(Single Nucleotide Polymorphism)指在基因组上单个核苷酸的变异所形成的核酸序列多态性，是目前认为最具有研发潜力的检测技术，与SSR标记相比具有以下优势：一是在基因组中分布密度更高更均匀；二是易实现数据整合比较；三是通量高，检测位点数可达几百万个；四是部分标记与功能基因甚至植物表型相关。

国际植物新品种保护联盟(UPOV)于2010年发布了DNA分子标记选择和数据库构建指南(简称BMT指南)，认为SSR和SNP标记是特别适用于品种鉴定的技术。近年来SNP标记被研究者青睐，已成为国内外研究的热点。Illumina、Affymetrix等公司相继推出了SNP基因分型高通量检测平台，为自动化和低成本的SNP芯片检测技术研发与应用提供了良好的技术保障。SNP分子标记检测技术近年来被广泛应用于甜瓜、菜豆、甜椒等蔬菜分子辅助育种及品种鉴定研究。杜邦先锋种子公司的种子检测从2007年开始已淘汰其他技术，完全采用SNP检测技术，取得了良好成效。在国内，主要关注的是全基因组精细图谱的构建以及关联分析和复杂性状研究等方面，而利用SNP标记对水稻品种进行分子鉴定方面正处于初始研究阶段。建立基于SNP标记技术的水稻品种鉴定方法，可以进一步提高我国水稻品种鉴定技术的规范化和标准化水平，填补国内关于此方面研究的空白。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种用于水稻品种鉴定的SNP芯片，能通过芯片上的分子标记对水稻品种进行检测。

本发明解决上述技术问题所采用的技术方案是：所述SNP芯片包含3072个SNP分子标记，所述3072个SNP分子标记是基于950份水稻栽培品种的序列比对筛选得到的，所述3072个SNP分子标记是序列表中的SEQ ID NO.0001～SEQ ID NO.3072。

本发明所提供的SNP芯片命名为RiceID3072，本发明的芯片RiceID3072上的SNP位点是指序列表中SEQ ID NO.0001～SEQ ID NO.3072所示的序列中方括号([])中的核苷酸。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP芯片的制备方法。

本发明解决该技术问题所采用的技术方案是：SNP芯片RiceID3072的制备方法，包含以下步骤：