[发明专利]一种玉米基因定位方法

权利要求书

1.一种玉米基因定位方法，其特征在于包括以下步骤：

（1）同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序，选择Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面；

（2）展示水稻序列的注释；即点击Chromosome、Overview、DetailedView和BasepairView，逐步获得更为详细的信息；在DetailedView的Zoom梯状图中选择200kb，表示显示以匹配序列为中心的200kb范围内的序列；DetailedView随后显示对该序列的注释信息，包括Ricemarkers、RiceEST、Maizemarkers、MaizeEST；Markers项中的标记有C944、C51151S、R1538和R1770，选择与匹配序列连锁最近的C51151S，点击进入C51151S标记的信息界面；

（3）标记在水稻遗传图谱中位置的确定；选择MapPositions中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，点击viewonmap，显示C51151S在所选图谱中的位置；同时通过OptionsMenu中的FeatureTypes调节图谱中所要显示的标记；

（4）比较图谱的绘制；在Comparativemap的下拉菜单中选择玉米遗传图谱IBM2neighbors2004的所有染色体，再点击Redrawmap，显示水稻chr3和玉米染色体的对应关系比较图；由于共线性过于密集，可以返回上一界面，通过ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd缩小显示范围。

2.根据权利要求1所述一种玉米基因定位方法，其特征在于利用玉米ESTs与水稻基因组序列进行BLASTn，在E-value〈10^-5、配对长度至少50bp的条件下，96条玉米ESTs在水稻染色体上找同源序列。

3.根据权利要求2所述一种玉米基因定位方法，其特征在于在96条与水稻序列具有同源性的ESTs中，77条ESTs在同源序列两侧各100kb区间内，进行共线性标记，在玉米的第1至第10条染色体上的分布设置为17、7、17、8、17、10、8、15、5和8条。