[发明专利]一种玉米基因定位方法

说明书

技术领域

本发明属于基因定位技术领域，尤其涉及一种玉米基因定位方法。

背景技术

对分子标记图谱的比较研究证实，玉米、高粱和甘蔗的基因组间具有大量的共线性，且高粱和甘蔗的基因组的组成更为相似，高粱和甘蔗的许多基因组区域与玉米中的2个不同区域同源。Ahn等研究表明，在RFLP标记水平上，水稻和玉米近三分之二的基因组具有共线性。禾本科植物间，控制重要农艺性状的QTL也具有共线性。基于分子标记的比较基因组学研究在宏观水平上反应了基因组间的相似性。而对a1-sh2基因区域的DNA序列分析表明，玉米、高粱和水稻均含这两个基因，且转录方向相同，表现出序列水平上的微共线性；但在玉米中，这2个基因被140kb的片段所分开，而在高粱和水稻中，这2个基因间仅有19kb的片段。同时外显子序列（ESTs）的同源性比内含子序列的同源性要高得多。玉米和水稻基因组间的同源性为基于水稻的基因组信息来研究玉米基因组研究提供了理论依据。

发明内容

本发明就是针对上述问题，提供一种对大量的玉米ESTs在玉米连锁群上的分布进行准确定位的玉米基因定位方法。

为实现上述目的，本发明包括以下步骤。

（1）同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序，选择Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面。

（2）展示水稻序列的注释；即点击Chromosome、Overview、DetailedView和BasepairView，逐步获得更为详细的信息；在DetailedView的Zoom梯状图中选择200kb，表示显示以匹配序列为中心的200kb范围内的序列；DetailedView随后显示对该序列的注释信息，包括Ricemarkers、RiceEST、Maizemarkers、MaizeEST；Markers项中的标记有C944、C51151S、R1538和R1770，选择与匹配序列连锁最近的C51151S，点击进入C51151S标记的信息界面。

（3）标记在水稻遗传图谱中位置的确定；选择MapPositions中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，点击viewonmap，显示C51151S在所选图谱中的位置；同时通过OptionsMenu中的FeatureTypes调节图谱中所要显示的标记。

（4）比较图谱的绘制；在Comparativemap的下拉菜单中选择玉米遗传图谱IBM2neighbors2004的所有染色体，再点击Redrawmap，显示水稻chr3和玉米染色体的对应关系比较图；由于共线性过于密集，可以返回上一界面，通过ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd缩小显示范围。

作为一种优选方案，本发明利用玉米ESTs与水稻基因组序列进行BLASTn，在E-value〈10^-5、配对长度至少50bp的条件下，96条玉米ESTs在水稻染色体上找同源序列。

作为另一种优选方案，本发明在96条与水稻序列具有同源性的ESTs中，77条ESTs在同源序列两侧各100kb区间内，进行共线性标记，在玉米的第1至第10条染色体上的分布设置为17、7、17、8、17、10、8、15、5和8条。

本发明有益效果。

本发明以水稻基因组数据和已有的禾本科植物遗传图谱为桥梁，基于禾本科植物之间（如水稻和玉米之间）存在的分子标记水平上的广泛的共线性，从而对大量的玉米ESTs在玉米连锁群上的分布进行准确定位，揭示玉米和水稻基因组之间的同源性关系，准确反映基因组内部大量微小的缺失、插入和移位。

具体实施方式

本发明包括以下步骤。

（1）同源序列咨询，将该序列贴入查询框，各项参数按默认值，进行Blast咨询；ResultsSummary表格显示水稻数据库中一条与咨询序列同源的水稻序列，按照同源程度从高到低在Sequence项中排序，选择Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了两条序列具体的比对情况，点击匹配序列链接，进入到该序列的详细注释页面。