[发明专利]二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法

权利要求书

1.二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：分两次对基因组DNA进行片段化后测序以获得单倍型信息：第一次DNA片段化将基因组DNA分割成为一系列较长的核酸片段，在较长的核酸片段中构建一组片段文库，对每个片段文库进行扩增；将扩增后的较长的核酸片段进行第二次DNA片段化，第二次DNA片段化后得到较短的核酸片段，每个片段文库独立构建测序文库并分别进行高通量测序，测序的结果首先在每个片段文库内部进行序列比对或拼接，获得较长的核酸序列后进行跨片段文库的序列比对和拼接，从而实现利用高通量测序获得基因组单倍型信息。

2.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述高通量测序是指通过核酸链的合成反应、核酸的连接反应、核酸的降解反应或核酸链通过纳米孔道大规模并行测定核酸序列信息。

3.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述DNA片段化是指通过超声打断、机械拉断、剪切力拉断、核酸酶酶切、自然降解或化学降解方法使DNA由长片段断裂成为短片段。

4.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述基因组DNA是由一个完整基因组构成或者一个完整基因组的一部分构成，所述基因组DNA的含量是1个拷贝或者是多个拷贝。

5.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述单倍型信息是一条完整的染色体或核酸链的单倍型信息或者是一段较长的核酸链的单倍型信息。

6.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述较长的核酸片段的长度在1000碱基到10亿碱基之间，所述较短的核酸片段的长度在35碱基到10万碱基之间。

7.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述扩增是指在基因组水平进行的非特异性扩增，所述扩增为采用聚合酶链式反应扩增或采用聚合酶等温扩增。

8.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：每个所述片段文库中核酸片段的总长度小于单倍体基因组DNA全长，每个所述片段文库中一半以上的核酸片段彼此之间不包含等位区域。

9.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述每个片段文库独立构建测序文库并分别进行高通量测序是指每个片段文库独立构建完全独立的文库并分别进行测序或者使用条码技术基于多个片段文库构建编码文库进行高通量测序。

10.根据权利要求1所述的二次DNA片段化的基因组单倍型高通量测序方法，其特征在于：所述序列比对和拼接是在有参考序列的帮助下进行或者在没有参考序列的帮助下进行。