[发明专利]一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法

权利要求书

1.一种基于SSR基因型的梨树品种区分及特征指纹展示方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

梨树品种为：白皮酥、高平大黄、汉源大白梨、冀蜜、金川雪梨、金华早、晋州大鸭梨、彬县老遗生、巨鹿小木梨、苹果梨、胎黄梨、天生伏、泊头大鸭梨、万荣金梨、香茌、香水、孝义伏、兴隆麻梨、雪花、鸭梨、赵县大鸭梨、郑家梨、薄山池梨、茌梨、崇化大、砀山酥、利布林、日面红、身不知、绿安久、外引红梨、八月红、花红梨、火把、龙泉酥、鲁南黄皮水、马蹄黄、苍溪雪梨、蒲瓜梨、水葫芦、巍山红雪梨、文山红雪梨、袖珍、云南黄酸梨、大叶雪、德胜香梨、福安尖把、赤穗、二十世纪、江岛、太白、晚三吉、新世纪、新水、早生赤、红糖梨、红霄梨、满园香、面酸梨、南果、庶梨、酥梅、洋红霄、窑酸梨、海棠酥、黄句句梨、霍城冬黄梨、霍城黄句句、库尔勒香梨、兰州长把、酸秤砣、兴义海子梨；

以等位基因数量多，多态性高，稳定性好为标准，筛选用于梨树品种鉴定的如下12对SSR引物；

梨树品种经PCR扩增，PCR产物经电泳检测后，按照“小分子量/大分子量”的格式，统计梨树品种在各SSR位点的基因型；

将统计的基因型数据按照“品种名”和“SSR位点”录入数据处理软件整合处理，形成梨树品种SSR特征指纹数据表；

对没有指纹数据的梨树品种进行SSR标记区分时，仅需对前一对SSR引物不能区分开的品种继续进行SSR扩增和排序即可；

进行相应梨树品种鉴别时，只需按顺序考察比对SSR特征指纹数据表中相应SSR位点的基因型数据即可，其中，所述SSR特征指纹数据表中，SSR核心引物位点为CH04h02、KA16以及NB105a；

所述数据处理软件整合处理包括：

新增一条“基因型数目”的记录，统计各SSR位点在梨树品种中的基因型数目；

根据“基因型数目”由多到少以降序形式调整SSR位点字段的排列位置，使基因型数目多的SSR位点排前面，少的排后面；

将梨树品种以某SSR位点为关键字排序，并标示SSR位点中唯一的基因型作为品种区分，直至所有梨树品种均被标示区分为止；

若所有SSR位点均已排序仍存在不能区分的梨树品种，整合处理终止，指示返回增加SSR引物以进行区分，直至所有梨树品种均被标示区分为止；

将冗余SSR位点剪切到所有SSR位点之后，并去除标示；

在最后两个标示位点区分的品种中对所有未标示的SSR位点进行重复项查找，将未找到重复项的SSR位点剪切到这两个SSR位点之前，取代相应两个SSR位点，并标示；

去除被取代的SSR位点的标示；

重复上述步骤用以优化，以达到用尽可能少的SSR引物位点区分梨树品种；

其中，所述以某SSR位点为关键字排序时，按照各位点基因型数目权重，逐个SSR位点或以3个SSR位点为单位分批进行，上一批位点排序后未区分的品种进入下一批位点排序，直至所有品种都能被区分。

2.如权利要求1所述的一种基于SSR基因型的梨树品种区分及特征指纹展示方法，其特征在于，所述电泳检测为荧光毛细管电泳检测或PAGE胶检测。

3.如权利要求1所述的一种基于SSR基因型的梨树品种区分及特征指纹展示方法，其特征在于，所述SSR位点的基因型为纯合基因型时，按照“分子量/分子量”的格式统计。

4.如权利要求1至3任一项所述的一种基于SSR基因型的梨树品种区分及特征指纹展示方法，其特征在于，对没有指纹数据的梨树品种进行SSR标记区分，无需执行依据基因型数目调整SSR位点字段的排列位置。