[发明专利]一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法

说明书

本发明属于分子生物学的分子标记领域，公开了一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法。该方法通过选择多态性高的SSR引物，对果树品种进行PCR扩增，经电泳检测后，统计各品种在SSR位点的基因型，利用WPS或Excel等数据处理软件整合处理，查找各品种的特征基因型，并标示，最终形成一张包含完整SSR位点信息和各品种基因型数据的，能直观反映各品种间图谱关系的果树品种SSR特征指纹数据表。该方法对没有指纹数据的果树品种进行SSR标记区分时，仅需对前一对SSR引物不能区分开的品种继续进行SSR扩增和排序，操作简便，检测结果准确可靠、稳定高效，更重要的是品种特征指纹表的内容还可由其他研究者进行不断地充实，应用前景广阔。

技术领域

本发明属于分子生物学的分子标记领域，具体涉及一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法。

背景技术

近些年来，随着我国人民生活水平提高，土地流转加速，资本下乡日渐活跃，果树产业获得了快速发展，大量优良的果树品种被应用于生产。建立一套简便、快速、可靠的果树品种鉴定技术体系应用于果树品种鉴定，进行品种权利保护，对于维护育种者和生产者的利益，保障果树产业健康发展，具有重要而现实的意义。

传统的形态学品种鉴定方法无法有效鉴别大量的品种，分子标记技术的兴起与应用，为植物品种鉴定提供了准确、可靠的技术手段。常见的分子标记有RAPD(RandomAmplified Polymorphic DNA)、RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)、ISSR(Inter-simple sequence repeat)、AFLP(Amplified Fragment LengthPolymorphism)和SSR(Simple Sequence Repeat)。

SSR也称微卫星、短串联重复(STR)，是由长度为1—6个碱基的基元，串联重复而成的，广泛分布于基因组中。SSR是基因组中变异最为迅速的序列，其串联重复数的突变率很高，从而产生了很多等位基因，形成了SSR的高度多态性。SSR标记是基于PCR扩增的分子标记，较之基于分子杂交的RFLP标记和基于酶切位点的AFLP标记要简单、方便地多。与RAPD和AFLP的随机引物标记不同的是，SSR标记呈共显性，引物由待检物种的基因组序列开发而来，物种特异性强，不易受内生及外源微生物基因组的影响，结果准确可靠，较少的引物组合可达到较高的检测精度。正是基于这些优点，国际植物品种权保护组织(UPOV)于2007年将SSR与最新发展的SNP标记一起确定为构建DNA指纹数据库的标记方法。

目前利用DNA标记进行果树品种鉴定的方法基本是聚类生成聚类图和指纹图谱，也有在此基础上生成果树品种分子身份证的，但是不管哪种方法最终展示的内容都不含具体的指纹数据信息，其他研究者通常无法加以利用，更无法在此基础上进行内容上的充实，致使许多物种至今没有可应用于实践的果树品种鉴定技术体系。因此，开发一种简便、快速、可靠的果树品种鉴定新方法具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于开发一种利用SSR分子标记技术进行果树品种快速区分、鉴定和特征指纹展示的方法。该方法较之常规的聚类图、指纹图谱和标准模式图，更为简便、直观、真实，可方便地应用于果树品种区分、鉴定、查对和果树种质资源交换、管理、利用。更重要的是品种特征指纹表的内容还可由其他研究者进行不断地充实，其开放性更利于同行间的交流和共享，从而能够群策群力整合尽可能多的资源，形成完善、实用的果树品种鉴定技术体系。

本发明提供一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法，包括如下步骤：

以等位基因数量多，多态性高，稳定性好为标准，筛选用于果树品种鉴定的SSR引物。

果树品种经PCR扩增，PCR产物经电泳检测后，按照“小分子量/大分子量”的格式，统计果树品种在各SSR位点的基因型。