[发明专利]检测性发育相关基因变异的方法和试剂盒

权利要求书

1.一种检测SRY基因变异的装置，其特征在于，包括，

核酸获取单元，用于获取待测样本核酸；

测序单元，用于对来自核酸获取单元的核酸中的目标区域进行测序，获得测序数据，所述测序数据由多个读段组成，所述目标区域是使用试剂盒捕获所述核酸获得的；

第一比对单元，用于将来自测序单元的测序数据与第一参考序列比对，获得第一比对结果；

计算单元，用于基于来自第一比对单元的第一比对结果，计算X染色体和Y染色体的测序深度，以及任选的计算常染色体的测序深度，X染色体的测序深度＝比对上X染色体目标区域的读段数目/X染色体目标区域的大小，Y染色体的测序深度＝比对上Y染色体目标区域的读段数目/Y染色体目标区域的大小，常染色体的测序深度＝比对上常染色体目标区域的读段数目/常染色体目标区域的大小；

检测单元，用于比较来自计算单元的Y染色体测序深度和X染色体测序深度，任选的用于比较来自计算单元的Y染色体测序深度和常染色体测序深度，用于执行以下(i)或(ii)程序以检测SRY基因变异，

(i)当Y染色体测序深度小于1/5的X染色体测序深度，和/或Y染色体测序深度小于1/10的常染色体测序深度时，将来自测序单元的测序数据与第二参考序列比对，获得第二比对结果，

将所述第二比对结果中的未比对上所述第二参考序列的读段与第三参考序列比对，获得第三比对结果，

基于所述第三比对结果，检测SRY基因变异；

(ii)当Y染色体测序深度不小于1/5的X染色体测序深度，和/或Y染色体测序深度不小于1/10的常染色体测序深度时，基于来自第一比对单元的第一比对结果，检测SRY基因变异；其中，

所述第一参考序列包括X染色体、Y染色体和常染色体的参考序列，所述第二参考序列为X染色体参考序列和常染色体参考序列，所述第三参考序列为Y染色体参考序列；

(i)中的基于第三比对结果检测SRY基因变异包括，

基于所述第三比对结果中的比对到SRY基因参考序列的读段的信息，计算SRY基因的覆盖度和/或SRY基因的测序深度，当所述SRY基因覆盖度不小于90％和/或所述测序深度不小于1/10的常染色体测序深度时，判定存在SRY基因阳性变异，其中，

所述SRY基因的覆盖度＝有读段比对上的SRY基因参考序列的区域的大小/SRY基因的大小，

所述SRY基因的测序深度＝比对上SRY基因的读段数目/SRY基因的大小；

其中：

所述试剂盒包括探针，所述探针固定在固相基质上或者游离于液相中，所述探针能够特异性识别X染色体上的以下29个基因的外显子区：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色体上的至少一个其它区域；以及

所述探针能够特异性识别Y染色体上SRY基因的外显子区，和Y染色体上的至少一个其它区域。

2.权利要求1的装置，其特征在于，所述探针能够特异性识别X染色体上的与每个所述29个基因的外显子区相邻的30bp内含子区，所有的所述探针能够特异性识别的X染色体上的区域中的任两个相邻区域在X参考染色体上的距离不大于10M。

3.权利要求1的装置，其特征在于，所述探针能够特异性识别Y染色体上的与SRY基因的外显子区相邻的30bp内含子区，所有的所述探针能够特异性识别的Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在Y参考染色体上的距离不大于10M。

4.权利要求1的装置，其特征在于，所述探针能够特异性识别每5-10M所述X参考染色体区域中的至少一部分，和/或

所述探针能够特异性识别每5-10M所述Y参考染色体区域中的至少一部分。