[发明专利]一种快速建库方法有效

专利信息
申请号: 201410847648.2 申请日: 2014-12-29
公开(公告)号: CN104480534A 公开(公告)日: 2015-04-01
发明(设计)人: 盛司潼;钟茂春 申请(专利权)人: 深圳华因康基因科技有限公司
主分类号: C40B50/06 分类号: C40B50/06;C12Q1/68
代理公司: 暂无信息 代理人: 暂无信息
地址: 518057 广东省深圳市南山区*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 快速 方法
【权利要求书】:

1.一种快速建库方法,其特征在于,包括以下步骤:

A、PCR扩增待测序样本,得扩增产物;所述PCR扩增过程中用于PCR扩增的PCR引物对中至少有一种PCR引物上含有可断裂位点或可切除序列;

B、将扩增产物加至切割-连接反应体系中进行切割和连接,得含接头一的文库分子;所述切割-连接反应体系包括:连接酶、断裂剂、接头一和连接缓冲液;

所述断裂剂,用于对扩增产物中的可断裂位点或可切除序列进行特异性切割,形成第一粘性末端;

所述接头一为核酸分子,含有与第一粘性末端完全互补配对的第二粘性末端。

2.根据权利要求1所述的快速建库方法,其特征在于,所述可断裂位点或可切除序列为核糖核苷酸、RNA序列或限制性内切酶识别序列。

3.根据权利要求1所述的快速建库方法,其特征在于,所述切割-连接反应体系还包括接头二,所述接头二用于与第一粘性末端所在末端的相对端连接。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的快速建库方法,其特征在于,步骤A中用于扩增的PCR引物对的两种引物上均含有可断裂位点或可切除序列,且同一对PCR引物对中的可断裂位点或可切除序列所形成的第一粘性末端之间不能互补配对。

5.根据权利要求3所述的快速建库方法,其特征在于,步骤A中PCR扩增使用的聚合酶为Taq酶;所述接头二的一端为单碱基突出末端;所述单碱基突出末端为T,其位于所在链的3’端。

6.一种SNP分型方法,其特征在于,包括以下步骤:

A、PCR扩增待测序样本,得含待测SNP位点的扩增产物;所述PCR扩增过程中用于PCR扩增的PCR引物对中至少有一种PCR引物上含有可断裂位点或可切除序列;

B、将含待测SNP位点的扩增产物加至切割-连接反应体系中进行切割和连接,得含接头一的文库分子;所述切割-连接反应体系包括:连接酶、断裂剂、接头一和连接缓冲液;所述断裂剂,用于对扩增产物中的可断裂位点或可切除序列进行特异性切割,形成第一粘性末端;所述接头一为核酸分子,含有与第一粘性末端完全互补配对的第二粘性末端;

C、将含接头一的文库分子可寻址的固定在固相载体上;

D、对固定在固相载体上的文库分子进行测序,进而确定待测SNP位点的基因型。

7.根据权利要求6所述的SNP分型方法,其特征在于,所述切割-连接反应体系还包括接头二,所述接头二用于与第一粘性末端所在末端的相对端连接。

8.根据权利要求6所述的SNP分型方法,其特征在于,当检测的待测序样本有多个时,根据待测序样本的不同分别进行步骤A和B。

9.根据权利要求7所述的SNP分型方法,其特征在于,步骤A中PCR扩增使用的聚合酶为Taq酶;所述接头二的一端为单碱基突出末端;所述单碱基突出末端为T,其位于所在链的3’端。

10.根据权利要求6所述的SNP分型方法,其特征在于,所述接头一为双链核酸分子,其第二粘性末端所在链的5’末端含生物素标记,其被预先固定在含链霉亲和素标记的磁珠上。

11.一种DNA测序方法,其特征在于,包括以下步骤:

A、PCR扩增待测序样本,得含待测序列的扩增产物;所述PCR扩增过程中用于PCR扩增的PCR引物对中至少有一种PCR引物上含有可断裂位点或可切除序列;

B、将含待测序列的扩增产物加至切割-连接反应体系中进行切割和连接,得含接头一和接头二的文库分子;所述切割-连接反应体系包括:连接酶、断裂剂、接头一、接头二和连接缓冲液;所述断裂剂,用于对扩增产物中的可断裂位点或可切除序列进行特异性切割,形成第一粘性末端;所述接头一为核酸分子,含有与第一粘性末端完全互补配对的第二粘性末端;所述接头二用于与第一粘性末端所在末端的相对端连接;

C、单分子扩增含接头一和接头二的文库分子,得单分子扩增产物;

D、对单分子扩增产物进行高通量测序,得待测序列的序列信息。

12.根据权利要求11所述的DNA测序方法,其特征在于,步骤A中PCR扩增使用的聚合酶为Taq酶;所述接头二的一端为单碱基突出末端;所述单碱基突出末端为T,其位于所在链的3’端。

13.根据权利要求11所述的DNA测序方法,其特征在于,步骤A中用于扩增的PCR引物对的两种引物上均含有可断裂位点或可切除序列,且同一对PCR引物对中的可断裂位点或可切除序列所形成的第一粘性末端之间不能互补配对。

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