[发明专利]用于单分子分析的方法

权利要求书

1.一种表征DNA的方法，所述方法包括：

在第一序列基序处使第一DNA产生切口，其中所述第一DNA是双链的，并且其中所述第一DNA在邻近所述切口处保持双链；

用第一标记标记所述第一DNA上的所述切口；

线性化所述第一DNA；以及

检测所述线性化的第一DNA上的所述第一标记的模式。

2.如权利要求1所述的方法，其中在标记后线性化所述第一DNA。

3.如权利要求1所述的方法，还包括用第三标记标记所述第一DNA，其中所述第三标记是非序列特异性的，并且其中所述第三标记与所述第一标记不同。

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，还包括修复所述第一DNA上的至少一些切口。

5.如权利要求4所述的方法，其中在用所述第三标记标记所述标记的第一DNA之前修复所述第一DNA上的切口。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，所述方法还包括：

在所述第一序列基序处使第二DNA产生切口；

用所述第一标记标记所述第二DNA上的所述切口；

线性化所述第二DNA；以及

检测所述线性化的第二DNA上所述第一标记的模式。

7.如权利要求6所述的方法，所述方法还包括用所述第三标记标记所述第二DNA。

8.如权利要求6-7中任一项所述的方法，还包括修复所述第二DNA上的至少一些切口。

9.如权利要求8所述的方法，其中在用所述第三标记标记所述标记的第二DNA之前修复所述第二DNA上的切口。

10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，所述方法还包括：

在第二序列基序处使第一DNA产生切口，其中所述修复的第一DNA在邻近所述切口处保持双链，以及

用所述第二标记标记所述第一DNA上所述第二序列基序处的切口，其中所述第二标记与所述第三标记不同。

11.如权利要求10所述的方法，还包括在用所述第二标记进行标记后，修复所述第一DNA上的切口。

12.如权利要求11所述的方法，其中在用所述第三标记标记所述第一DNA之前，修复所述第一DNA上的切口。

13.如权利要求10-12中任一项所述的方法，还包括检测所述第一DNA上所述第二标记的模式。

14.如权利要求8-13中任一项所述的方法，所述方法还包括：

在第二序列基序处使所述修复的第二DNA产生切口，其中所述修复的第二DNA在邻近所述切口处保持双链；以及

用第二标记标记所述第二DNA上所述第二序列基序处的切口，其中所述第三标记与所述第二标记不同。

15.如权利要求14所述的方法，还包括在用第二标记进行标记后，修复所述第二DNA上的切口。

16.如权利要求14-15中任一项所述的方法，还包括检测所述第二DNA上所述第二标记的模式。

17.一种表征DNA的方法，所述方法包括：

用第一切口核酸内切酶在识别序列处使第一DNA的一条链产生切口，其中所述第一DNA是双链的，并且其中所述第一DNA在邻近所述切口处保持双链；

用第一标记在切口位点标记所述第一DNA；

修复所述第一DNA上的所述切口；

用第二切口核酸内切酶在识别序列处使第二DNA的互补链产生切口，其中所述第二DNA的互补链与所述第一DNA的一条链互补，其中所述第二DNA是双链的，并且其中所述第二DNA在邻近所述切口处保持双链；

用第二标记在所述切口位点标记所述第二DNA；

修复所述第二DNA上的所述切口；

线性化所述标记的第一DNA和所述标记的第二DNA；以及

检测所述线性化的第一DNA和线性化的第二DNA上所述第一和第二标记的模式。

18.如权利要求17所述的方法，还包括用第三标记标记所述修复的第一和第二DNA，其中所述第三标记是非序列特异性的。

19.如权利要求6-18中任一项所述的方法，其中所述第一DNA和所述第二DNA都来自同一来源。