[发明专利]用于肿瘤分子亚型分型的方法和试剂盒

说明书

发明技术领域

本发明涉及鉴定癌症患者中肿瘤的分子亚型的体外方法以及将癌症患者分类以进行肿瘤治疗的方法。本发明还涉及用于鉴定癌症患者中肿瘤的分子亚型的试剂盒。

发明背景

肿瘤预后和治疗反应预测与肿瘤的分子亚型密切相关。当前世界上使用的检测癌症如乳腺癌的受体状态的标准方法为由福尔马林固定且石蜡包埋的(FFPE)活组织切片或切除组织的免疫组织化学(IHC)。目前，给予内分泌或靶向系统治疗(即曲妥单抗)大多是基于IHC。

FFPE样本制备和随后的利用特异性抗体的免疫组织化学染色是仅能在病理实验室中进行的当前技术。从FFPE肿瘤组织的显微检查加上染色结果的解释，病理学家进一步得到了关于肿瘤生物学和肿瘤扩散的临床上至关重要的信息。此外，病理学家对FFPE组织检查的解释被认为是临床决策制定中的关键一栏。在许多国家，病理学家是乳腺癌管理决策中所谓病例研讨会的主要部分。尽管IHC可在集中设施中容易地进行，检查病理学家的个人见解和经验在个体病例决策中非常重要。

然而，数项研究已证实，在多达40％的免疫组织化学结果中存在明显的观察者间差异和技术差异。此外，免疫组织化学仅允许定性，或在一些情况下半定量陈述关于各自的受体状态。

因此，需要可靠客观的定量和可重复的用于肿瘤如乳腺肿瘤的分子亚型分型的检测系统，其有助于选择合适的肿瘤治疗方案(患者分类)，并允许预后和预测治疗成功以及评估患者的远处转移风险。此外，这样的检测系统应当允许进行适合大部分癌症患者的分散检测。

发明概述

在一个方面，本发明涉及鉴定癌症患者中肿瘤的分子亚型的体外方法，所述方法包括以下步骤：

(a)确定所述肿瘤的样本中人表皮生长因子受体2(HER2)的RNA转录本的表达水平；

(b)确定所述肿瘤的样本中雌激素受体(ESR1)的RNA转录本的表达水平；

(c)确定所述肿瘤的样本中孕酮受体(PGR)的RNA转录本的表达水平；和

(d)确定所述肿瘤的样本中增殖抗原Ki-67(Ki67)的RNA转录本的表达水平；和/或

(e)确定所述肿瘤的样本中RacGTP酶激活蛋白1(RACGAP1)的RNA转录本的表达水平。

在一个实施方案中，确定HER2、ESR1、PGR和Ki67和/或RACGAP1的RNA转录本的表达水平包括确定HER2、ESR1、PGR和Ki67和/或RACGAP1的RNA转录本的表达水平是低于还是高于HER2、ESR1、PGR和Ki67和/或RACGAP1的RNA转录本的设定表达阈值。

在一个实施方案中，步骤(a)在步骤(b)、(c)和(d)和/或(e)之前进行。

在一个实施方案中，步骤(d)和/或步骤(e)在步骤(a)、(b)和(c)之后进行。

在一个实施方案中，步骤(a)在步骤(b)之前进行，步骤(b)在步骤(c)之前进行，且步骤(c)在步骤(d)和/或步骤(e)之前进行。

在一个实施方案中，所述分子亚型选自HER2-阳性、三阴性、管腔A(luminalA)型和管腔B(luminalB)型。

在一个实施方案中，比HER2的RNA转录本的设定表达阈值高的HER2的RNA转录本的表达水平，将肿瘤的分子亚型鉴定为HER2-阳性的。

在一个实施方案中，

-比HER2的RNA转录本的设定表达阈值低的HER2的RNA转录本的表达水平；

-比ESR1的RNA转录本的设定表达阈值低的ESR1的RNA转录本的表达水平；

-比PGR的RNA转录本的设定表达阈值低的PGR的RNA转录本的表达水平；和

-比Ki67的RNA转录本的设定表达阈值低或高的Ki67的RNA转录本的表达水平

将肿瘤的分子亚型鉴定为三阴性的。

在一个实施方案中，所述分子亚型为管腔A(luminalA)型或管腔B(luminalB)型。

在一个实施方案中，

-比HER2的RNA转录本的设定表达阈值低的HER2的RNA转录本的表达水平；

-比ESR1的RNA转录本的设定表达阈值高的ESR1的RNA转录本的表达水平；

-比PGR的RNA转录本的设定表达阈值高的PGR的RNA转录本的表达水平；和

-比Ki67的RNA转录本的设定表达阈值高的Ki67的RNA转录本的表达水平