[发明专利]利用通用报告物的数字测定

说明书

用于测定一组分区中的一个或更多个靶的数字测定系统，包括方法、设备和组合物，所述分区包含靶扩增的通用报告物。数字测定通常依靠检测样品中分析物的单独拷贝的存在或活性的能力。在示例性数字测定中，样品被分离为体积基本相等的一组分区，每个分区包含平均小于约一个拷贝的分析物。

对优先权申请的交叉引用

根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求2013年3月15日提交的美国临时专利申请序列号61/789,703以及2013年8月12日提交的美国临时专利申请序列号61/864,792的权益。这两个优先权申请的全部内容为了所有目的通过引用并入本文。

对其他材料的交叉引用

本申请为了所有目的通过引用并入下列材料的全部内容：2006年5月9日发布的美国专利号7,041,481；2010年7月8日公布的美国专利申请公布号2010/0173394A1；2011年9月8日公布的美国专利申请公布号2011/0217712A1；2012年6月21日公布的美国专利申请公布号2012/0152369A1；2013年2月14日公布的美国专利申请公布号2013/0040841A1；2012年8月23日提交的美国临时专利申请序列号61/692,635；2013年8月22日提交的美国专利申请序列号13/973,940；2013年12月6日提交的美国专利申请序列号14/099,750；2014年2月13日提交的美国专利申请序列号14/171,754；2014年2月3日提交的美国专利申请序列号14/171,761；以及Joseph R.Lakowicz,P_RINCIPLES OF F_LUORESCENCE S_PECTROSCOPY(第二版，1999)。

技术领域

本申请涉及但不限于利用通过报告物的数字测定。

引言

数字测定通常依靠检测样品中分析物的单独拷贝的存在或活性的能力。在示例性数字测定中，样品被分离为体积基本相等的一组分区，每个分区包含平均小于约一个拷贝的分析物。如果分析物的拷贝随机分布在分区之间，某些分区将不包含拷贝，其他分区仅包含一个拷贝，并且，如果分区的数量足够大，又其他分区将包含两个拷贝、三个拷贝和甚至更多数量的拷贝。基于分区中分析物的给定平均浓度在一个分区中实际发现0个、1个、2个、3个或更多拷贝的概率，通过泊松分布来描述。相反，分区中分析物的浓度(并因此样品中的浓度)可以从发现一个分区中给定数量的拷贝的概率来估算。

没有发现拷贝和发现一个或更多个拷贝的概率的估值可以在数字测定中测量。可以检验每个分区以确定该分区是包含分析物的至少一个拷贝的阳性分区，或是不包含分析物的拷贝的阴性分区。分区中没有发现拷贝的概率可以通过为阴性的被检验分区的分数来估计(“阴性分数”)，以及发现至少一个拷贝的概率通过为阳性的被检验分区的分数来估计(“阳性分数”)。阳性分数或阴性分数随后可以用于确定分区中的分析物的浓度，诸如以泊松统计。

数字测定往往依赖分区中核酸靶的扩增以使得能够检测分析物的单个拷贝。扩增可以经由聚合酶链式反应(PCR)来进行以实现数字PCR测定。靶的扩增可以从包含在反应中的荧光探针进行光学检测。具体地，探针可以包括荧光团，其提供指示靶是否已被扩增的荧光信号。

数字PCR测定可以被多重化以允许在相同组的分区中检测两个或更多个不同靶的存在。靶的扩增可以通过利用靶特异性的探针来区分。不过，此类探针可能是昂贵的，并且可能需要定制合成，这进一步增加了成本。

概述

本公开内容提供用于测定一组分区中的一个或更多个靶的数字测定系统，包括方法、设备和组合物，所述分区包含靶扩增的通用报告物。

本申请提供了以下各项：