[发明专利]通过顺序杂交编条形码的分子多重标记

权利要求书

1.一种非诊断目的的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)进行第一接触步骤，所述第一接触步骤包括使包含多种核酸的样品与第一多种可检测地标记的寡核苷酸接触，所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸的每种靶向所述样品中的核酸并被可检测部分标记，因此所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸至少包含:

(i)第一寡核苷酸，所述第一寡核苷酸靶向第一核酸并被第一可检测部分标记；和

(ii)第二寡核苷酸，所述第二寡核苷酸靶向第二核酸并被第二可检测部分标记；

(b)在所述第一接触步骤之后对所述样品成像，以便检测所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸的寡核苷酸与其靶序列的相互作用；

(c)进行第二接触步骤，所述第二接触步骤包括使所述样品与第二多种可检测地标记的寡核苷酸接触，其中所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸包括靶向被所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸靶向的重叠核酸的寡核苷酸，因此所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸至少包含：

(i)第三寡核苷酸，所述第三寡核苷酸在序列上与所述第一寡核苷酸相同，所述第三寡核苷酸靶向所述第一核酸；和

(ii)第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸在序列上与所述第二寡核苷酸相同，所述第四寡核苷酸靶向所述第二核酸，

其中所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸与所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸的不同在于，存在于所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸中的寡核苷酸的至少一种被与所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸中的靶向相同的核酸的对应寡核苷酸不同的可检测部分标记，因此在所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸中：

(iii)所述第三寡核苷酸被所述第一可检测部分、所述第二可检测部分或第三可检测部分标记；并且

(iv)所述第四寡核苷酸被所述第一可检测部分、所述第二可检测部分、所述第三可检测部分或第四可检测部分标记，

其中所述第三寡核苷酸被与所述第一寡核苷酸所用的不同的可检测部分标记，或所述第四寡核苷酸被与所述第二寡核苷酸所用的不同的可检测部分标记，或两者；

(d)在所述第二接触步骤之后对所述样品成像，因此以便检测所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸的寡核苷酸与其核酸靶的相互作用；以及

(e)重复所述第一接触步骤、所述第二接触步骤和成像步骤，每次用新的多种可检测地标记的寡核苷酸，所述新的多种可检测地标记的寡核苷酸包含靶向被所述第一多种可检测地标记的寡核苷酸和所述第二多种可检测地标记的寡核苷酸靶向的重叠核酸的寡核苷酸，其中由于标记靶向相同核酸的寡核苷酸的可检测部分中的至少一种差异，所利用的多种可检测地标记的寡核苷酸的每个多种与所利用的多种可检测地标记的寡核苷酸的每个其他的多种不同，

其中步骤(a)至(e)针对所述样品中的每个独特的核酸产生独特的分子条形码。

2.权利要求1所述的方法，其中所述核酸靶是转录产物或DNA基因座。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述样品包括细胞、核酸提取物、蛋白提取物或组织。

4.如权利要求1所述的方法，所述方法包括N个接触步骤，其中N至少是2，并且多种可检测地标记的寡核苷酸的每个多种包含F个可检测的部分，其中F至少是2。

5.如权利要求4所述的方法，其中N大于2并且其中两个接触步骤是相同的。

6.如权利要求4所述的方法，其中多种可检测地标记的核苷酸的每个多种靶向(F)^N个核酸靶。

7.如权利要求4所述的方法，其中多种可检测地标记的寡核苷酸的每个多种靶向少于(F)^N个核酸靶。

8.如权利要求1所述的方法，其中多种可检测地标记的寡核苷酸的每个多种靶向相同的核酸靶。

9.如权利要求1所述的方法，所述方法在每个成像步骤之后包括去除多种可检测地标记的寡核苷酸的步骤。