[发明专利]用于检测癌前病损的方法

权利要求书

1.一种在受试者中检测癌前病损(precancerouslesion)的方法，该方法包括如下步骤：

(a)从取自所述受试者的生物样品分离基因组DNA；

(b)测量分离的基因组DNA或其片段中的SDC2(多配体聚糖-2(syndecan-2))基因的CpG岛的甲基化，从而确证癌前病损。

2.权利要求1的方法，其中所述CpG岛的甲基化的存在或CpG岛的甲基化的增加指示存在癌前病损。

3.权利要求1的方法，其中步骤(b)中的所述甲基化的测量包括用修饰含CpG岛的片段的试剂处理分离的基因组DNA或其片段以区分甲基化的DNA和非甲基化的DNA，然后测量经处理的DNA或其经处理的片段的甲基化。

4.权利要求3的方法，其中所述试剂是选自重亚硫酸盐(bisulfite)、亚硫酸氢盐(hydrogensulfite)、焦亚硫酸盐(disulfite)及其组合的一个或多个。

5.权利要求1的方法，其中所述CpG岛位于SDC2基因的5’调控区中。

6.权利要求1的方法，其中所述CpG岛位于具有选自SEQIDNO:1-5所示核苷酸序列的一个核苷酸序列的区域中。

7.权利要求1的方法，其中步骤(b)中的所述甲基化的测量是通过选自下组的方法来进行的：PCR、甲基化特异性的PCR、实时甲基化特异性的PCR、使用甲基化的DNA特异性结合蛋白的PCR、使用甲基化的DNA特异性结合抗体的PCR、定量PCR、核酸芯片方法、测序、通过合成的测序、和通过连接的测序(sequencing-by-ligation)。

8.权利要求7的方法，其中所述用测序或通过合成的测序方法测量甲基化包括扩增分离的基因组DNA或其片段，所述扩增使用选自下组的一个引物对来进行：SEQIDNO:6和7所示的引物对、SEQIDNO:9和10所示的引物对、和SEQIDNO:12和13所示的引物对。

9.权利要求7的方法，其中所述用测序或通过合成的测序方法测量甲基化包括扩增分离的基因组DNA或其片段，所述扩增使用选自下组的一个测序引物：SEQIDNO:8、11和14所示的测序引物。

10.权利要求7的方法，其中所述通过核酸芯片方法测量甲基化包括使分离的DNA或其片段与一个选自下组的探针杂交：SEQIDNO:21-46所示的探针。

11.权利要求7的方法，其中所述通过实时甲基化特异性PCR测量甲基化包括用具有SEQIDNO:15和16所示的核苷酸序列的引物对扩增分离的基因组DNA或其片段，以及使扩增的基因组DNA或其片段与具有SEQIDNO:17所示核苷酸序列的探针杂交。

12.权利要求7的方法，其中所述通过实时甲基化特异性PCR测量甲基化包括用具有SEQIDNO:47和48所示的核苷酸序列的引物对扩增分离的基因组DNA或其片段，以及使扩增的基因组DNA或其扩增的片段与具有SEQIDNO:49所示核苷酸序列的探针杂交。

13.权利要求7的方法，其中所述通过实时甲基化特异性PCR测量甲基化包括用具有SEQIDNO:53和54所示核苷酸序列的引物对扩增分离的基因组DNA或其片段，以及使扩增的基因组DNA或其扩增的片段与具有SEQIDNO:55所示核苷酸序列的探针杂交。

14.一种在受试者中检测癌前病损的方法，该方法包括如下步骤：

(a)使分离自取自受试者的生物样品的基因组DNA与至少一个试剂接触，所示试剂能在基因组DNA的至少一个靶区域内区分甲基化和非甲基化的CpG二核苷酸；

(b)基于所示接触来确定多配体聚糖-2基因的甲基化状态；和

(c)确定多配体聚糖-2基因的甲基化与正常对照样品中的相比增加，从而检测受试者中的癌前病损。

15.权利要求14的方法，其中所述试剂是选自重亚硫酸盐、亚硫酸氢盐、焦亚硫酸盐及其组合的一个或多个。