[发明专利]用于检测核酸相邻性的方法

权利要求书

1.一种确定样品中的两个以上的核酸分子或一个核酸分子的两个以上的区域是否彼此紧邻的方法，所述方法包括：

提供核酸的混合物；

将所述混合物区室化到足够数目的区室中以致能够将核酸分子由于紧邻所致的在区室中的共定位与随机共定位相区别；以及

检测在相同的区室中两个以上的核酸分子或一个核酸分子的两个以上的区域的存在；由此确定所述样品中的所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域彼此紧邻。

2.权利要求1所述的方法，其中检测两个以上的核酸分子。

3.权利要求1所述的方法，其中检测一个核酸分子的两个以上的区域。

4.权利要求1所述的方法，其中所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于直接相互作用而彼此紧邻。

5.权利要求1所述的方法，其中所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于分子的复合物中的间接相互作用而彼此紧邻。

6.权利要求5所述的方法，其中所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于核酸-蛋白质复合物中的间接相互作用而彼此紧邻。

7.权利要求1所述的方法，其中所述核酸是双链的。

8.权利要求1所述的方法，其中所述核酸是单链的。

9.权利要求1所述的方法，其中所述核酸是DNA。

10.权利要求1所述的方法，其中所述核酸是RNA。

11.权利要求1所述的方法，其中所述方法包括分析各区室是否存在所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域。

12.权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤包括扩增所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域。

13.权利要求12所述的方法，其中所述扩增步骤包括PCR、定量PCR或实时PCR。

14.权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤包括对所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域进行核苷酸测序。

15.权利要求1所述的方法，其中所述检测步骤包括检测与所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域杂交的一种或多种试剂。

16.权利要求15所述的方法，其中所述一种或多种试剂是荧光团。

17.权利要求1所述的方法，其中所述方法包括：

将所述核酸与至少两种试剂接触，其中第一试剂与第一核酸分子或核酸分子的第一区域杂交并且其中第二试剂与第二核酸分子或核酸分子的第二区域杂交；以及

检测所述第一试剂和所述第二试剂的存在；由此确定所述样品中的所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域彼此紧邻。

18.权利要求17所述的方法，其中所述第一试剂和所述第二试剂联合产生在不存在所述第一试剂、不存在所述第二试剂或两者都不存在的情况下不产生的信号。

19.权利要求1所述的方法，其中所述提供步骤包括从所述样品分离所述核酸。

20.权利要求19所述的方法，其中所述分离基本上不破坏所述样品中的核酸分子之间或核酸分子的区域之间的直接的或间接的相互作用。

21.权利要求19所述的方法，其中所分离的核酸被重悬在溶液中。

22.权利要求21所述的方法，其中所分离的核酸被重悬在溶液中，所述溶液包含一种或多种用于检测所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域的试剂。

23.权利要求22所述的方法，其中所述一种或多种试剂是寡核苷酸探针。

24.权利要求1所述的方法，其中所述样品是来自动物、植物、细菌或病毒来源的提取物。

25.权利要求1所述的方法，其中所述样品包含一种或多种细胞。

26.权利要求25所述的方法，其中所述提供步骤包括破坏或溶解所述一种或多种细胞的细胞膜。

27.权利要求25所述的方法，其中所述提供步骤包括对所述一种或多种细胞的细胞膜进行渗透化处理。