[发明专利]用于检测核酸相邻性的方法

说明书

对相关专利申请的交叉引用

本申请要求2013年11月26日提交的美国临时专利申请号61/909,283的优先权的利益，所述申请通过引用完整地结合。

发明背景

核酸分子之间和核酸分子的区域之间的相互作用，无论是核酸之间的直接的物理相互作用还是通过与其他分子的复合物的间接相互作用，均涉及细胞过程的调节。例如，DNA成环(looping)涉及许多细胞过程，包括转录、复制和重组。此外，RNA与基因组DNA的相互作用能够影响和调节DNA的转录。

发明简述

本发明提供确定样品中的两个以上的核酸分子或一个核酸分子的两个以上的区域是否由于直接的或间接的物理相互作用而彼此紧邻的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：

提供核酸的混合物；

将所述混合物区室化到足够数目的区室中以致能够将核酸分子或核酸分子的区域由于紧邻所致的在区室中的共定位与随机共定位相区别；以及

检测在相同的区室中两个以上的核酸分子或一个核酸分子的两个以上的区域的存在；由此确定所述样品中的所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域彼此紧邻。

在一些实施方案中，所述提供步骤包括在这样的条件下提供所述核酸的混合物以致蛋白质保持与所述混合物中的所述核酸分子或所述核酸分子的区域结合。

在一些实施方案中，检测两个以上的核酸分子。在一些实施方案中，检测一个核酸分子的两个以上的区域。

在一些实施方案中，所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于直接相互作用而彼此紧邻。在一些实施方案中，所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于分子的复合物中的间接相互作用而彼此紧邻。在一些实施方案中，所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域由于核酸-蛋白质复合物中的间接相互作用而彼此紧邻。

在一些实施方案中，所述核酸是双链的。在一些实施方案中，所述核酸是单链的。在一些实施方案中，所述核酸是DNA。在一些实施方案中，所述核酸是RNA。

在一些实施方案中，所述方法包括分析各区室是否存在所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域。

在一些实施方案中，所述检测步骤包括扩增所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域。在一些实施方案中，所述扩增步骤包括PCR、定量PCR或实时PCR。

在一些实施方案中，所述检测步骤包括对所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域进行核苷酸测序。

在一些实施方案中，所述检测步骤包括检测一种或多种试剂，所述一种或多种试剂与所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域杂交。在一些实施方案中，所述一种或多种试剂是荧光团。

在一些实施方案中，所述方法包括：

将所述核酸与至少两种试剂接触，其中第一试剂与第一核酸分子或核酸分子的第一区域杂交并且其中第二试剂与第二核酸分子或核酸分子的第二区域杂交；以及

检测所述第一试剂和所述第二试剂的存在；由此确定所述样品中的所述两个以上的核酸分子或所述核酸分子的两个以上的区域彼此紧邻。

在一些实施方案中，所述第一试剂和所述第二试剂联合产生在不存在所述第一试剂、不存在所述第二试剂或两者都不存在的情况下不产生的信号。

在一些实施方案中，所述提供步骤包括从所述样品分离所述核酸，并且其中所述分离基本上不破坏所述样品中的核酸分子之间或核酸分子的区域之间的直接的或间接的相互作用。在一些实施方案中，所分离的核酸被重悬在溶液中。在一些实施方案中，所分离的核酸被重悬在溶液中，所述溶液包含一种或多种用于检测所述核酸分子或所述核酸分子的所述区域的试剂。在一些实施方案中，所述一种或多种试剂是寡核苷酸探针。

在一些实施方案中，所述样品是来自动物、植物、细菌或病毒来源的提取物。在一些实施方案中，所述样品包含一种或多种细胞。在一些实施方案中，所述样品包含分离的细胞核。

在一些实施方案中，所述提供步骤包括破坏或溶解一种或多种细胞的细胞膜。在一些实施方案中，所述提供步骤包括对一种或多种细胞的细胞膜进行渗透化处理。

在一些实施方案中，所述提供步骤包括所述核酸的核酸剪切或核酸酶消化。在一些实施方案中，所述提供步骤包括从所述样品中的其他组分中纯化所述核酸。