[发明专利]鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用

说明书

技术领域

本发明涉及作物分子育种领域，特别是涉及一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用。

背景技术

小麦在我国是仅次于玉米和水稻的第三大粮食作物，同时也是我国半数以上人口的主要口粮，总产量和消费量均居世界首位，因此小麦生产的持续发展对我国的粮食安全保障具有重要意义。株高是影响小麦株型和产量的一个重要农艺性状。降低株高和提高抗倒伏性是小麦育种的重要目标，而矮秆基因或矮源则是小麦矮秆育种的物质基础，株高的遗传解析、矮秆基因的发掘和利用对小麦矮秆高产品种的培育具有重要指导意义。

自20世纪60年代农林10矮秆基因被用于小麦育种以来，矮秆基因的研究和利用被越来越多的遗传学家和育种专家所重视，矮秆成为世界范围内小麦高产、超高产育种的主要目标性状，矮秆、半矮秆品种的选育和推广，使得世界小麦产量平均年递增3.4％(万平等，1998)。目前小麦育种中广泛使用的是携带Rhtl、Rht2、Rht8、Rht9等隐性矮秆基因的亲本(郭保宏等，1997)。矮源的遗传多样性低不利于小麦的产量和品质提高，矮秆基因的发掘及遗传研究利用在育种中越来越受重视。从新矮源的创造和现有矮源的利用两方面着手，拓宽小麦品种的遗传基础，同时注意矮秆背景基因型的改造，是小麦育种工作进一步推进的关键途径。迄今为止，在小麦中已经发现了40多个矮秆主效基因，分布在20个位点上，已经正式定名的小麦矮秆基因有22个(Rht1-Rht22)(McIntosh等，2010；Haque等，2011；Peng等，2011)，这些矮秆基因的发现对于世界范围内小麦产量和品质的改良具有重要作用。但研究工作大多集中在Rht1、Rht2、Rht3、Rht8、Rht9、Rht10和Rht12上。这些矮秆基因的遗传方式或表现为显性，或表现为隐性；对赤霉素反应或表现为敏感，或表现为不敏感，各有特点(董玉琛，2000)，其中，Rht1和Rht2隐性基因来源于农林10号等Daruma衍生品种，分别位于4BS和4DS染色体上，对GA3反应不敏感。Rht3显性基因来源于大拇指矮，位于4BS染色体上，对GA3反应不敏感。Rht8和Rht9隐性矮杆基因来源于赤小麦，分别位于2DL与7BS染色体上，对GA3反应为敏感型。Rht10基因是从矮变1号鉴定出来的，位于4DS染色体上，是降秆作用最强的基因，对GA3反应不敏感。Rht12来源于Karcag522的辐射突变体，在5AL染色体上，与芒抑制基因BI紧密连锁，对GA3反应不敏感。

分子标记辅助选择是直接对基因型进行选择，具有不受环境条件、基因间互作、基因型与环境互作影响等优点，能够大大提高育种工作的选择效率。随着基因芯片技术的发展和DNA高通量测序技术的日益成熟，产生了第三代分子标记技术-SNP标记。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式(Brookes等，2006)。SNP在几乎所有的物种基因组中都有很高的频率，在人类基因组中大概每1.3kb就有一个SNP的存在。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现各种基因组突变。SNP标记通常具有双等位基因多态性，其突变率相当低，是一种稳定的突变。而且SNP标记密度高，富有代表性且易实现分析自动化。检测SNP的方法有DNA芯片技术、阵列杂交分析、同源杂交法及直接测序法等。其中以DNA芯片技术方法最佳，已得到大规模的发展与应用。以DNA芯片技术为基础的SNP标记是一种高通量的分子标记技术，而且随着越来越多的农作物全基因组测序的完成，SNP标记将成为植物遗传育种研究中理想的分子标记(方宣钧等，2002)。目前，根据小麦EST序列SNP变异开发出的小麦Infinium iSelect 9k和Infinium iSelect 90k SNP芯片已经商业化，为开展小麦SNP分析提供了重要的工具。

发明内容

基于上述现有技术所存在的问题，本发明提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用，能准确鉴定小麦材料的新矮秆主效QTL。

为解决上述技术问题，本发明提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对，包括以下引物对中的一对或几对：

WGGC6079：正向引物：5’-ATGGAGGTTTGGGATCAGCA-3’(SEQ ID NO.1)，反向引物：5’-ACTATGGTACACTCGTGCGT-3’(SEQ ID NO.2)；