[发明专利]不同种属微生物间种类和丰度比较的人工外源性参照分子有效

专利信息
申请号: 201510040550.0 申请日: 2015-01-28
公开(公告)号: CN104560982B 公开(公告)日: 2018-05-18
发明(设计)人: 高兴华;齐瑞群;洪玉晓;姜航航;陈洪铎 申请(专利权)人: 中国医科大学附属第一医院
主分类号: C12N15/11 分类号: C12N15/11;C12Q1/6888;C12Q1/6895
代理公司: 沈阳亚泰专利商标代理有限公司 21107 代理人: 史力伏
地址: 110001 辽宁*** 国省代码: 辽宁;21
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摘要:
搜索关键词: 不同 种属 微生物 间种 比较 人工 外源性 参照 分子
【权利要求书】:

1.不同种属微生物间种类检测和丰度比较的方法,其特征在于,包括如下步骤:

步骤1、根据待检测微生物设计人工外源性参照分子,纯化提取待检测样本核酸,将已知量的外源性参照分子加入待测样本核酸;

步骤2、充分混匀后按照所需要检测的种属的数量,均等分成相应的份数,每一份分别使用试剂盒进行PCR扩增,并进行后续测序、酶切或其他DNA序列分析;

步骤3、每个物种的定量或相对定量分析结果,以人工外源性参照分子的检测量为基准,求得各种类的微生物相对于该人工外源性参照分子的相对量,进行数据标准化;

步骤4、物种间标准化后的数据可以进一步相互比较,以得到物种间的相对种类和丰度的数据;

所述的人工外源性参照分子包括:若干物种检测区及若干连接序列区,所述物种检测区与连接序列区相间排列交替出现;所述物种检测区的个数至少为两个,且为不同种属物种检测区;所述连接序列区的序列与待检测物种的序列不同源;所述物种检测区包括引物序列区与特异识别区,位于特异识别区上游的为上游引物序列区,位于特异识别区下游的为下游引物序列区;所述特异识别区为人为设计合成的一组序列,设计者明确知道该序列的排列信息,该序列的长度模拟相应待检测物种的特征检测序列长度;所述特异识别区的序列与待检测物种中的基因组DNA序列无同源性,存在明显特异区别;

所述的特征检测序列为来自所述微生物的16SrDNA 、18SrDNA 或ITS区rDNA 序列。

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