[发明专利]一种快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法及应用

权利要求书

1.一种快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，设计一对引物SPSB2177P1扩增含多态的DNA片段，经琼脂糖凝胶电泳检测，依据获得的电泳图谱条带类型判断SPSB基因多态类型，

包括如下步骤：

步骤（1），模板的制备：提取被测样本的基因组DNA；

步骤（2），引物设计：所述的引物对SPSB2177P1为：

上游引物：5’-TACATGGTTGGTTGTGGTGCT-3’；

下游引物：5’-GTGTCTGACTTGACGGGTGGT-3’；

步骤（3），PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测；

步骤（4），基因型的判断；

步骤（5），SPSB基因多态结果鉴定。

2.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的模板为甘蔗属大茎野生种51NG3、甘蔗属细茎野生种印割1号、甘蔗属热带种Badila、甘蔗属中国种光泽竹蔗、甘蔗属印度种Nagori或甘蔗栽培种ROC22的基因组DNA。

3.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的PCR扩增体系为：

Buffer，含Mg²⁺，2.5μL

dNTP2.5mM2μL

EasyTaq DNA聚合酶0.5μL

上游引物 10uM0.5μL

下游引物 10uM0.5μL

DNA模板 40ng/μL1.5μL

ddH₂O 17.5μL

总体积25μL。

4.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的扩增程序为94℃预变性5min；35个循环94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸45s；72℃延伸7min。

5.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的琼脂糖凝胶电泳检测的具体方法如下：配2.5%（w/v）琼脂糖凝胶，取5μL扩增的产物与2μL Loading buffer混匀后上样，140V下电泳30min，紫外判断PCR结果。

6.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的基因型的判断的具体方法为：根据步骤（3）电泳检测的结果，当出现大小为175bp片段，为未插入性片段，则该SPSB基因型命名为B1型；当出现大小为294bp片段，为插入性片段，则该SPSB基因型命名为B2型；当出现大小为421bp片段，为插入性片段，则该SPSB基因型命名为B3型。

7.根据权利要求6所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的B1型与B2型的差别在于B2型插入了一段119bp的序列，该序列如SEQ ID NO.5所示；B1型与B3型的差别在于B3型插入了一段246bp的序列，该序列如SEQ ID NO.6所示。

8.根据权利要求6所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的B2型插入片段和B3型插入片段是不同的碱基序列，插入的位点相同，大小不同。

9.根据权利要求1所述的快速检测甘蔗属SPSB基因多态性的方法，其特征在于，所述的SPSB基因多态结果鉴定采用测序验证。