[发明专利]一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记KpnI‑1及应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记KpnI-1及应用，属于分子生物学技术领域。

背景技术

分子标记辅助选择是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的新技术，它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。分子标记辅助选择成功的关键在于所获得的分子标记是否与待分析的性状相连锁以及是否在同一物种的不同材料间具有通用性。

西瓜的果肉颜色是西瓜品质构成的一项重要指标，西瓜果实中含有番茄红素、β-胡萝卜素、叶黄素、玉米黄质等多种色素，不同色素的组成及含量的多少使西瓜果肉呈现出不同颜色。同时，西瓜果肉中的色素也具有对人体有益的生理功能，有研究表明，番茄红素具有高效的抗氧化活性，能有效的降低癌症和心脑血管的发病率，并可以作为一种功能性色素广泛的应用于功能食品、药品和化妆品中(Sahin K,Tuzcu M,Sahin N,et al.Nrf2/HO-1signaling pathway may be the prime target for chemoprevention of cisplatin-induced nephrotoxicity by lycopene.Food Chem Toxicol,2010,48(10):2670-2674；Mortensen A,Skibsted L H,Sampson J,et al.Comparative mechanisms and rates of free radical scavenging by carotenoid antioxidants.FEBS Lett,1997,418(12):91-97)。β-胡萝卜素可以减少脂质过氧化保护有机体不被破坏(Olson J AR.Molecular actions of carotenoids.In:Canfield LM(ed).Carotenoids in Human Health,New Y ork.Academy of Sciences,1993.156-166)，叶黄素对维护视力有着重要的作用。因此通过分子标记辅助选择的方法高效的选育不同果肉颜色的西瓜品种是当前西瓜育种工作的主要部分。

随着DNA分子标记技术的快速发展，利用与植物相关基因紧密连锁的分子标记进行辅助选择，可以极大的加速主要性状的筛选和基因定位，从而大大提高育种选择效率。但是，西瓜的遗传距离较为狭窄，目前文献已公布的可用的分子标记数目较少且多态性较低，严重制约了西瓜主要农艺性状基因定位及相关分子标记的开发。

发明内容

为提供一个CAPS分子标记，用以对含有番茄红素和不含有番茄红素的西瓜植株进行分子标记辅助选择，本发明采取了以下技术方案：

本发明的一个目的在于提供一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记KpnI-1，通过该分子标记扩增出的PCR产物片段大小为517bp，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

所述标记位于西瓜番茄红素β-环化酶cds区段，该区段的GenBank登录号为ABM90917.1，与西瓜番茄红素β-环化酶基因紧密连锁。

所述标记的鉴别引物对正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

所述分子标记KpnI-1应用于鉴定和辅助筛选西瓜的果肉颜色。

所述应用是提取待测样品的DNA后，利用鉴别引物对进行PCR扩增，再利用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，最后利用电泳对酶切产物进行检测。

所述应用的步骤如下：

1)提取待测样品的DNA；

2)以待测样品的DNA为模板，利用鉴别引物对进行PCR扩增，获得扩增产物；

3)利用限制性内切酶对步骤2)所得的扩增产物进行酶切，获得酶切产物；

4)利用琼脂糖凝胶电泳对步骤3)所得的酶切产物进行检测。

步骤2)所述鉴别引物对，正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

优选地，步骤2)所述PCR扩增，采用降落PCR，扩增程序为：94℃预变性7min，94℃变性30s，60℃退火30s，每循环降低0.5℃，72℃延伸40s，30个循环；94℃变性30s，45℃退火30s,72℃延伸40s,10个循环；72℃延伸10min，4℃保存。