[发明专利]一种测试大豆品种实质性派生关系的方法

权利要求书

1.一种测试大豆品种实质性派生关系的方法，其特征在于，所述方法包括：

获得不同大豆品种间的变异位点；

通过所述变异位点确定测试区域，所述测试区域的数目满足以下条件为：BINOMDIST(SD*TN,TN,0.80*SD,TRUE)≥95％，其中，TN为所述测试区域的数目，SD为判定阈值；所述测试区域的数目满足的条件含义为：当所述测试区域的数目为TN、所述判定阈值为SD且所述待测大豆品种间差异基因型的比例为0.80*SD时，判断所述待测大豆品种间差异基因型的比例小于所述判定阈值SD的概率保障大于等于95％，通过计算区分度的值，其中，a为变异窗口区域中被检测到的品种总数，bi为所述变异窗口区域中第i种基因型的品种数，且bi>1，k为包含大于1个品种的基因型的数目，所述变异窗口区域为以每个单核苷酸变异位点为中心，向所述单核苷酸变异位点的两侧各延伸待测序列长度的1/2作为检测的窗口；所述测试区域为细胞质基因组上区分度最大的8000个变异窗口或细胞核基因组上所述区分度最大且均匀分布的100个变异窗口，其中，所述基因型为所述测试区域内多个单核苷酸变异位点的组合；

分别对两个待测大豆品种进行抽样，提取并获得两个所述待测大豆品种的抽样样本的DNA；

制备扩增所述测试区域的引物；

利用所述引物分别对两个所述抽样样本的DNA进行扩增，分别得到两个所述待测大豆品种在所述测试区域的扩增产物，所述扩增产物分别用于构建两个所述待测大豆品种的高通量测序文库；

对两个所述待测大豆品种的所述高通量测序文库分别进行高通量测序，分别得到两个所述待测大豆品种的测序片段组；

分析两个所述待测大豆品种的测序片段组，分别获得两个待测大豆品种基因型，所述待测大豆品种基因型为所述测试区域内变异碱基的组合，且所述待测大豆品种基因型的频率≥30％；

比较两个所述待测大豆品种基因型，获得待测大豆品种间差异基因型的比例；

根据所述差异基因型的比例，判断两个所述待测大豆品种的实质性派生关系。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测试区域不包括扩增产生杂株基因型的区域；

所述杂株基因型指频率≥0.02％，且所述杂株基因型与所述待测大豆品种的所有所述基因型间的差异碱基的数量≥2个或所述差异碱基中有非连续碱基的插入或缺失。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，分别对两个所述待测大豆品种进行抽样的方法为：对两个所述待测大豆品种分别随机选取100个以上的样本混合后获得两个所述待测大豆品种的抽样样本。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，判断两个所述待测大豆品种的实质性派生关系的方法为：

当所述待测大豆品种间差异基因型的比例＜SD时，两个所述待测大豆品种具有实质性派生关系；当所述待测大豆品种间差异基因型的比例≥SD时，两个所述待测大豆品种不具有实质性派生关系，其中，SD为判定阈值。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，若判断两个所述待测大豆品种具有实质性派生关系时，结论正确的概率≥BINOMDIST(SD*TRN,TRN,OD,T RUE)；若判断两个所述待测大豆品种不具有实质性派生关系时，结论正确的概率≥BINOMDIST((1-SD)*TRN,TRN,1-OD,TRUE)；其中，TRN为两个所述待测大豆品种的共有测试区域的数目，OD为所述待测大豆品种间差异基因型的比例，BINOMDIST为excel 2010函数，BINOMDIST(SD*TRN,TRN,OD,TRUE)的含义为：当所述共有测试区域的数目为TRN时，所述待测大豆品种间差异基因型的比例OD小于所述判定阈值SD的概率；BINOMDIST((1-SD)*TRN,TRN,1-OD,T RUE)含义为：当所述共有测试区域的数目为TRN时，所述待测大豆品种间差异基因型的比例OD大于所述判定阈值SD的概率。