[发明专利]一种测试大豆品种实质性派生关系的方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种大豆实质性派生品种的测试新方法。

背景技术

UPOV（International Union for the Protection of New Varieties of Plants：国际植物新品种保护联盟）公约1991年文本对实质性派生品种做了原则性的规定，即实质性派生品种是指由A品种选育得到的B品种没有实质性的变化，B品种称为A品种的实质性派生品种，A品种与B品种间具有实质性派生关系。判断两个品种间是否具有实质性派生关系的方法是检测这两个品种间基因型的差异比例，当该差异比例超过一定值时，即可认为两个品种间不具有实质性派生关系，相反，则认为两个品种间具有实质性派生关系。

目前检测实质性派生性关系的方法还很少，仅有方法的大致流程为：通过SSR标记或SNP标记，扩增待测大豆品种的每个测试区域，再通过电泳或一代测序检测获得的每个测试区域的基因型，根据基因型，判断待测大豆品种间的实质性派生关系。

在实现本发明的过程中，发明人发现现有技术至少存在以下问题：

实质性派生关系需要对待测大豆品种间大量的基因位点进行检测后，才能准确判断两个品种间是否具有实质性派生关系。在现有的检测实质性派生性关系的方法中，检测位点少导致实质性派生关系的判定结论不准确。同时，现有的SSR标记和SNP标记由于需要单独扩增和单独检测每个测试区域，因此，测试区域数目过多，必然会导致工作量极大增加，因此，现有的方法的测试区域数目都在300个以内，不能完整代表待测大豆品种的全部基因型，从而导致检测结果不准确，实质性派生关系的判定结论也不准确。

发明内容

为了解决现有技术中检测实质性派生关系不准确的问题，本发明实施例提供了一种测试大豆品种实质性派生关系的方法。所述技术方案如下：

本发明实施例提供了一种测试大豆品种实质性派生关系的方法，所述方法包括：

获得不同大豆品种间的变异位点；

通过所述变异位点确定测试区域，所述测试区域的数目满足以下条件为：BINOMDIST(SD*TN,TN,0.80*SD,TRUE)≥95%，其中，TN为所述测试区域的数目，SD为判定阈值；所述测试区域的数目满足的条件含义为：当所述测试区域的数目为TN、所述判定阈值为SD且所述待测大豆品种间差异基因型的比例为0.80*SD时，判断所述待测大豆品种间差异基因型的比例小于所述判定阈值SD的概率保障大于等于95%；

分别对两个待测大豆品种进行抽样，提取并获得两个所述待测大豆品种的抽样样本的DNA；

制备扩增所述测试区域的引物；

利用所述引物分别对两个所述抽样样本的DNA进行扩增，分别得到两个所述待测大豆品种在所述测试区域的扩增产物，所述扩增产物分别用于构建两个所述待测大豆品种的高通量测序文库；

对两个所述待测大豆品种的所述高通量测序文库分别进行高通量测序，分别得到两个所述待测大豆品种的测序片段组；

分析两个所述待测大豆品种的测序片段组，分别获得两个待测大豆品种基因型，所述待测大豆品种基因型为所述测试区域内变异碱基的组合，且所述待测大豆品种基因型的频率≥30%；

比较两个所述待测大豆品种基因型，获得待测大豆品种间差异基因型的比例；

根据所述差异基因型的比例，判断两个所述待测大豆品种的实质性派生关系。

具体地，所述测试区域不包括扩增产生杂株基因型的区域；

所述杂株基因型指频率≥0.02%，且所述杂株基因型与所述待测大豆品种的所有所述基因型间的差异碱基的数量≥2个或所述差异碱基中有非连续碱基的插入或缺失。

具体地，分别对两个所述待测大豆品种进行抽样的方法为：对两个所述待测大豆品种分别随机选取100个以上的样本混合后获得两个所述待测大豆品种的抽样样本。

具体地，判断两个所述待测大豆品种的实质性派生关系的方法为：

当所述待测大豆品种间差异基因型的比例＜SD时，两个所述待测大豆品种具有实质性派生关系；当所述待测大豆品种间差异基因型的比例≥SD时，两个所述待测大豆品种不具有实质性派生关系，其中，SD为判定阈值。