[发明专利]一种与猪产仔数相关的CNV标记及其应用有效

专利信息
申请号: 201510191179.8 申请日: 2015-04-21
公开(公告)号: CN104846080B 公开(公告)日: 2018-05-25
发明(设计)人: 刘剑锋;杨凯捷;郑先瑞;赵鹏举;王海飞 申请(专利权)人: 中国农业大学
主分类号: C12Q1/6888 分类号: C12Q1/6888;C12N15/11
代理公司: 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 代理人: 王文君;黄爽
地址: 100193 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 拷贝数 猪产仔数 产仔数 引物 标记辅助选择 应用 产仔数性状 关联分析 候选分子 候选区域 总产仔数 试剂盒 猪品种 活仔 数极 性状 繁殖 检测 表现
【说明书】:

发明提供一种与猪产仔数相关的CNV标记及其应用,所述CNV标记是指猪AHR基因(GenBank:NC_010451.3)候选区域内的拷贝数变异,所述CNV标记的拷贝数为1或2,表现为拷贝数缺失型和拷贝数正常型。对大白猪繁殖性状和拷贝数的关联分析显示,AHR基因不同拷贝数对其产仔数有显著影响,其中拷贝数为2的个体总产仔数和产活仔数极显著高于拷贝数为1的个体(P<0.01)。本发明还提供了用于检测所述CNV标记的引物及含有该引物的试剂盒。本发明还提供了所述CNV标记在鉴定产仔数高的猪品种中的应用。本发明获得的CNV可作为大白猪产仔数性状的标记辅助选择的重要候选分子标记。

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学检测领域,具体地说,涉及一种与猪产仔数相关的CNV标记及其应用。

背景技术

猪繁殖性状是现代猪生产中重要的经济性状,繁殖性能的高低直接影响到猪场的生产效率和经济效益。同时繁殖性状是一个低遗传力的数量性状,容易受到环境条件的影响,其主要包括产仔数、产活仔数、初生重、初生窝重、20日龄窝重、断奶头数、断奶重和断奶窝重等指标,如何提高母猪繁殖性能是养猪业健康高效、可持续发展的关键,也是当前遗传育种研究的重点和热点。研究猪繁殖性状相关的基因的拷贝数变异对于揭示影响猪繁殖性能遗传机制和高繁殖力猪的选育具有重要意义。

自20世纪80年代以来,由于生物技术的发展,特别是人类基因组计划的启动(1991),基因组DNA序列的遗传变异即分子多态性,被大量开发出来。除了限制性片段长度多态性(RFLP)、单核苷酸多态性(SNPs)、微卫星(Microsatellite)等这些常规的遗传标记外,新近在人类基因组中又发现了另外一类丰富的多态性来源—拷贝数变异(Copy numbervariations,CNVs)。CNVs是指基因组中与参考序列相比>1kb的DNA片段插入、缺失和/或扩增,及其相互组合衍生出的复杂染色体结构变异。相邻的、部分重叠的CNVs合并在一起成为一个更大的基因组片段成为拷贝数变异区间(Copy Number Variation Region,CNVR)。拷贝数变异具有基因组覆盖范围广(人类基因组上CNVs覆盖率约13%)、突变率高、分布于基因组特定位置、可遗传及相对稳定的特点。近年来国内外科学家的研究表明,CNVs广泛存在于正常个体的基因组中,其和一些遗传性疾病以及繁殖性状等复杂性状有着密切的关系,成为又一种重要的分子标记。

实时荧光定量PCR(qPCR)技术是一种常用的CNVs检测技术。在PCR反应体系中,加入过量SYBR Green荧光染料,SYBR Green荧光染料特异性地掺入DNA双链后,发射荧光信号,而不掺入DNA链中的SYBR分子不发射荧光信号,从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步,进而通过检测荧光信号的强度来反映基因组DNA的数量。通过对检测样本的目的基因(具有拷贝数多态)及参考基因(无拷贝数多态,2个拷贝)进行相对定量,根据2-△△Ct方法统计检测样本候选基因的拷贝数。该方法具有简单易操作、成本低的优势,可以检测目的片段的绝对拷贝数,但不适用于大样本的高通量检测。

芳香烃受体(AHR,aryl hydrocarbon receptor)基因,在雌性哺乳动物生殖系统的各个器官中均有表达,在生殖过程中发挥着极其重要的作用。猪AHR基因位于9号染色体,Onteru等对猪繁殖性状的全基因组关联分析中定位出AHR基因与猪的繁殖性状有显著关联(Onteru et al.2012),Jablonska等发现在母猪发情周期中,AHR基因在生殖系统和神经内分泌组织中表达显著不同,进而证明其参与了母猪繁殖功能的调节(Jablonska etal.2011),Bosse等在对亚洲猪种对欧洲商业猪种基因渗入的研究中揭示了源自亚洲的AHR基因的非同义突变与欧洲商业猪种产仔数的提高相关(Bosse et al.2014)。

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