[发明专利]一种氟烷基因的分子标记辅助选择方法

说明书

技术领域

本发明属于猪分子育种领域，更具体地说，本发明涉及一种氟烷基因的分子标记辅助选择方法。

背景技术

现有的关于氟烷基因的分子标记辅助选择育种有两个极化倾向，一种是群体完全纯化，达到完全无应激标准，另一种是不开展氟烷基因的选育。氟烷基因是猪应激综合症的主效基因，其影响屠宰后猪的肉质质量，应激会使肉质苍白、出水，形成PSE肉。

很多研究表明，氟烷基因NN型个体在屠宰后1小时pH值、肉色、大理石纹等肉质性状方面占绝对优势，但是含有n基因型的猪只背膘更薄、瘦肉率更高，产肉量也占有一定优势。若种猪群体氟烷基因100％优化，则容易导致肉猪体型较差，肌肉不紧凑，在活猪市场上价格不占优势。若是不进行优化，则会影响屠宰后的肉质，在屠宰场进行猪肉定价时处于劣势，价格相对较低。

其他一些关于氟烷基因的分子标记辅助选择仅仅是科研研究，大多数的研究主要针对氟烷基因在不同猪群的遗传变异分析，或者是与肉质、胴体等性状的相关性或效应的分析，并没有具体的针对企业分子育种应用方案方面的研究和论述。大部分研究没有考虑到企业实际操作，尤其是完全纯化的方案没有考虑国内的市场——主要是活猪市场这一现状，以及大量种猪选择淘汰对企业效益的影响，可操作性不强，没有针对现场不同的选育目标，制定不同的育种方案，没有较为实用的分子育种方案建立方法。且现有的一些研究或方法，在达到目标后，也没有后续跟踪程序。

以上技术最突出的问题是不能兼顾活体市场和屠宰后肉质品质的需求，且没有考虑企业效益，无法做到平衡育种，不能兼顾企业效益与育种效率，使氟烷基因分子育种没有明确的目标。

发明内容

有鉴于此，为了克服上述现有技术中存在的问题，本发明提供了一种氟烷基因的分子标记辅助选择方法。

为了实现上述发明目的，本发明采取了以下技术方案：

一种氟烷基因的分子标记辅助选择方法，包括以下步骤：

1)、对现有群体的氟烷基因的基因型进行检测，对基因频率进行分析；

2)、利用R软件进行bootstrap、拟合直线、和作图分析，确定现有群体的氟烷基因的适宜频率；

3)、制定适宜的分子标记辅助选择育种方案；

4)、对育种后的氟烷基因频率进行监控。

在其中一些实施例中，所述步骤1)为，利用PCR-RFLP的方法检测现有群体的氟烷基因，利用plink软件对基因型结果进行基因变异程度分析，若最小等位基因频率MAF>0.05，进行分子标记辅助选择。

在其中一些实施例中，步骤2)中，所述bootstrap分析的步骤为：每次随机抽取50％样本，计算氟烷基因频率和表型平均值，通过1万次的随机抽样，得到1万个基因频率值和表型平均值数据。

在其中一些实施例中，步骤2)中，所述拟合直线分析的步骤为：基于bootstrap生成的数据，利用线性模型，拟合基因型值和表型值，得到基因频率和表型值对应关系的拟合直线。

在其中一些实施例中，步骤2)中，所述现有群体的氟烷基因的适宜频率是通过以下方法确定的：绘制基因频率对性状值效应相反的两类主选性状的拟合直线，两条直线交点对应的氟烷基因频率，即为适宜频率。

在其中一些实施例中，所述步骤3)为：获得适宜频率后，根据现有群体的氟烷基因的遗传变异情况以及选育目标，制定适宜的氟烷基因分子标记选择育种方案，使群体尽快达到适宜频率。

在其中一些实施例中，所述步骤4)为：现有群体达到适宜频率目标后，实时监控核心群的频率，选留的后备猪都需经过氟烷基因的检测，若群体频率不在适宜频率内，则需要再次进行群体优化。

本发明阐述了如何在现有的种猪核心群中建立氟烷基因的分子标记辅助选择育种方法，该方法可以与现场传统育种有效结合，通过各环节的分析，明确现有群体适宜存在的氟烷基因频率，优化目的明确，可快速达到该群体的平衡育种目标。此种氟烷基因分子标记辅助选择育种方案方法，更适合企业育种应用，建立氟烷基因平衡育种的方法，兼顾企业效益与育种效率。与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

1、本发明的分子标记辅助选择方法通过bootstrap、拟合直线、做图等统计方法，分析群体氟烷基因频率对不同主选性状的影响，确定符合选育目标的适宜群体氟烷基因频率，制定出具体可行的分子标记辅助选择方案，解决了因为氟烷基因对于现场选育的不同性状的相反效应而导致分子育种实践应用无法做到平衡育种这一难题；