[发明专利]检测肺癌KIF5B-RET融合基因的引物、试剂盒及其使用方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种检测肺癌KIF5B-RET融合基因的引物、试剂盒及其使用方法。

背景技术

肺癌是中国发病率和死亡率最高的癌症之一，对人群健康和生命威胁很大。不少肺癌患者存在癌基因的突变，这些驱动突变通过持续的激活信号蛋白，对肺癌的形成和维持产生重要影响。这些代表性癌基因有EGFR、HER2、KRAS、ALK、BRAF、PIK3CA、AKT1、ROS1、NRAS和MAP2K1等。上述很多基因的突变状态与靶向药物的敏感性相关，如EGFR基因的一些突变对酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼和厄洛替尼敏感，而对ALK抑制剂克唑替尼耐受，但存在ALK或ROSE1融合基因的患者则对克唑替尼治疗敏感，而耐受吉非替尼和厄洛替尼。可见相关癌基因的突变状态对靶向药物的选择治疗有着重要的指导作用。

有接近一半的肺癌患者仍存在未知的临床相关的癌基因突变，RET基因融合是较新发现的一种肺癌驱动突变，与EGFR、KRAS等突变互斥，代表一种新的分子亚型，其突变人群约占肺癌人群的1％。KIF5B-RET融合导致RET的异常激活，从而激活下游细胞内信号通路，导致细胞异常。故对RET融合基因(KIF5B-RET)的筛查，可对肺癌进行分子分型，并对靶向药物(凡德他尼)用药作出指导。

目前对融合基因的检测方法较多，有荧光原位杂交(FISH)、PCR产物电泳、测序等方法，但以上方法存在诸多弊端，如FISH检测周期较长且所需探针等试剂昂贵；PCR产物电泳经常会造成样本污染问题，且对弱阳性样本的评判存在人的主观性；测序则对样本质量要求较高，检测周期长，方法灵敏度较低。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明的目的在于提供一种检测肺癌KIF5B-RET融合基因的引物，本发明还公开了包括有所述引物的试剂盒及其使用方法。

本申请的发明人根据四种KIF5B-RET融合亚型，设计了四对特异引物，采用SYBR GREEN I染色real time-PCR的方法，可以快速、准确地定性检测肺癌石蜡组织或新鲜组织的KIF5B-RET融合基因。

根据本发明的实施例，提供了一种用于检测肺癌KIF5B-RET融合基因的引物，所述引物包括5对引物，可同时扩增四种融合亚型和一个内参基因。

所述KIF5B-RET融合的四种融合亚型为：K15；R12亚型、K16；R12亚型、K22；R12亚型、K23；R12亚型。

特异性扩增K15；R12亚型的引物序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示，

SEQ ID NO:1 5’-AGACCTTGCAGAAATAGGAATTG-3’

SEQ ID NO:2 5’-TCCAAATTCGCCTTCTCCTA-3’

特异性扩增K16；R12亚型的引物序列如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示，

SEQ ID NO:3 5’-GAGTTAGCAGCATGTCAGCTTC-3’

SEQ ID NO:4 5’-TCCAAATTCGCCTTCTCCTA-3’

特异性扩增K22；R12亚型的引物序列如SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示，

SEQ ID NO:5 5’-CGCAAACTCTTTGTTCAGGA-3’

SEQ ID NO:6 5’-TCCAAATTCGCCTTCTCCTA-3’

特异性扩增K23；R12亚型的引物序列如SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示，

SEQ ID NO:7 5’-ATCTCCTTTCTTGAAAATAATCTTG-3’

SEQ ID NO:8 5’-TCCAAATTCGCCTTCTCCTA-3’

特异性扩增内参基因的引物序列如SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示，

SEQ ID NO:9 5’-CGCCCGCCGCGGCTTGTCCCGAGATGTTTAT-3’

SEQ ID NO:10 5’-CGCCCGCCGCCACAGCAGGACACCAAAAGA-3’。