[发明专利]用于检测β球蛋白基因的变异的微阵列及其检测方法

说明书

本发明涉及用于检测β球蛋白基因的变异的微阵列及其检测方法。本发明还涉及一种多态性检测用微阵列探针对的评价方法，含有以下的工序：(1)在含有表示第1多态性检测用探针杂交而获得的信号强度的Y轴和表示第2多态性检测用探针杂交而获得的信号强度的X轴的荧光坐标系中标绘荧光坐标的工序，所述荧光坐标使第1多态性用对照核酸与多态性检测用探针对杂交而获得；(2)将反比于通过所述Y轴和X轴的交点O与所述工序(1)中标绘的荧光坐标的直线的倾角的值设为校正值C的工序；(3)对多个多态性检测用探针对进行工序(1)及(2)，在各探针间比较校正值C，将校正值C为最小的探针对确定为适合于第1多态性检测的探针的工序。

本发明是申请号为2013800175584(国际申请号为PCT/JP2013/060261)、申请日为2013年3月28日、发明名称为“用于检测β球蛋白基因的变异的微阵列及其检测方法”的发明申请的分案申请。

技术领域

本发明涉及用于检测β球蛋白基因的变异的探针组、具有该探针组的微阵列、及使用其检测β球蛋白基因的变异的方法。

背景技术

人类基因组由约30亿个基因密码(碱基)构成，逐渐了解到个体间存在多个基因密码(碱基序列)的差异。现在，这些碱基序列的差异中，特别引人关注的是单核苷酸多态性(SNP)。

单核苷酸多态性(SNP)是指在DNA的碱基序列中仅1个碱基不同，是对应于是否能喝酒、药是否容易发挥作用等人类个性的最小单位。在人类基因组的30亿个碱基对中，显示存在约300万个(每500～1000碱基对中存在1个的比例)～1000万个单核苷酸多态性(SNP)，通过不生成特定的蛋白质或形成与他人不同之处，从而带来个体差异(体质)、人种差异等差别。就人类基因的个体差异的研究而言，可以说对单核苷酸多态性进行解析、调查疾病易感性以及对药物的响应并给与对该人类个体副作用少的药物即定制医疗将成为可能，单核苷酸多态性(SNP)解析的研究在不断推进。

单核苷酸多态性(SNP)引人关注的理由在于，随着核酸解析技术的改进而能够进行多个SNP解析，此外，疾病和SNP之间的相关性也逐渐明确。在疾病相关基因、药物代谢的个体差异解析及慢性疾病等广泛领域中，与SNP的相关性也逐渐明确。期待着今后SNP与这些的相关性的进一步明确。

核酸解析技术处理非常繁多的试样、含有数量庞大的操作，复杂且费时，通常要求较高精度。核酸解析技术中，作为迅速高精度地检测多个基因变异的手段，已知SNP检测用DNA芯片(DNA芯片也称为DNA微阵列。以下只要没有特别限定则意义相同。)是有效的。

DNA芯片是指在载体的各个所设定的分区中固定有核酸探针(探针)的芯片，通常，核酸探针使用具有与待测核酸片段互补的碱基序列的单链DNA或寡核苷酸分子。

SNP检测用DNA芯片中，固定有与变异核酸的检查对象位点相当的核酸片段的互补链作为核酸探针。就变异的检查对象位点而言，通常存在1个正常型和多个变异型，与这些中的任意者匹配的核酸探针排列在分区(polt)内。待测试样使用如下待测物液体，所述待测物液通过以PCR法为代表的核酸扩增法仅扩增出与发生变异的检查对象位点相当的核酸片段。

使该待测物液与SNP检测用DNA芯片的固定有核酸探针的面接触，使待测物核酸片段和对应的核酸探针间发生杂交。然后，检测该杂交所形成的键作为光学或电化学信号形式，从而可以鉴定和定量与核酸探针发生结合的待测物核酸片段。

在此，当核酸探针和待测物的组合为野生型探针和野生型待测物、或变异型探针和与其对应的变异型待测物这样的完全匹配时，杂交完全，形成强键。而另一方面，核酸探针和待测物的组合为野生型探针和变异型待测物、或变异型探针和野生型待测物这样的错配时，必然伴有不能形成氢键的位点，因此杂交不完全，形成弱键。