[发明专利]一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒棕榈酸含量的方法及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒棕榈酸含量的方法及其应用。

背景技术

大豆(Glycine max)是世界上重要的油料粮食作物，其种子油是人类与动物营养以及食品加工业植物食用油的重要来源。大豆油用量占全世界食用油的31％(Kim and Krishnan，2004)。大豆种子油主要是由甘油和脂肪酸组成的，其中脂肪酸占种子油的90％以上，主要包括棕榈酸(16:0)与硬脂酸(18:0)两种饱和脂肪酸和油酸(18:1)、亚油酸(18:2)与亚麻酸(18:3)等三种不饱和脂肪酸。脂肪酸的组成及其种类配比决定了种子油的品质。棕榈酸是饱和脂肪酸，不易消化吸收，人类过度食用，会造成肥胖和心血管疾病，降低大豆棕榈酸含量可以增加大豆的营养价值。

由于棕榈酸含量是受多基因控制的数量性状且易受环境影响，利用传统表型鉴定和育种方法培育低棕榈酸含量的品种不但需要花费很长的时间，而且难于成功，已经不能够满足当前优质大豆育种的发展。随着分子标记的开发和使用，分子标记辅助选择(Molecular marker-assisted selection，MAS)成为可以节约人力、物力和加速育种进程的有效方法(Cregan et al.1999)。分子标记辅助选择的最大优点为在不需要评估表型特征的情况下，通过确认是否带有目标基因而鉴定出低棕榈酸含量的植株。

大豆种质资源中蕴藏着丰富的基因，从育种的物质基础—种质资源中发掘所需要的优异资源及基因可有效促进大豆品种改良。作为栽培大豆起源地，我国的大豆种质资源在世界上最为丰富，现保存在国家种质资源库的就有3万余份，在棕榈酸含量上变异广泛(刘兴媛等，作物品种资源，1998)。为了有效的研究和利用我国大豆资源，邱丽娟等(作物学报，2009)构建了可代表我国大豆种质资源多样性的核心种质，为深入发掘种质资源中蕴藏的优异基因、有效拓宽大豆遗传基础奠定了材料基础。

关联分析，又称关联作图(Association Mapping)，是一种以LD(Linkage Disequlibrium)分析为基础，直接对基因型变异和表型变异进行分析，从而把那些与性状有关联的基因鉴定出来(Khush et al.2001)的基因定位方法，已成为发掘与表型相关分子标记的强有力工具。新型分子标记—SNP因为具有在基因组中数量多、分布广泛、可高通量检测等优点而在近年广泛用于鉴定多基因控制的复杂性状。随着SNP标记数量的不断增多，高通量的SNP分型平台相继推出，包括Goladen Gate和BeadArray(Illumina)，GenomeLab SNP stream(Beckman)和MegAllele(Affymetrix)等，其中Illumina公司的BeadArray芯片鉴定技术具有高效、高通量、成本低、准确性好等优点，适合位点数从几十到几千的中等通量基因分型研究，实验成功率>99％，是理想的中高通量基因分型检测的解决方案，目前已被广泛用于人类、拟南芥、水稻等物种的SNP分型。

发明内容

本发明的目的是鉴定或辅助鉴定大豆籽粒棕榈酸含量性状，和/或，筛选或辅助筛选具有不同棕榈酸含量的大豆籽粒。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种鉴定或辅助鉴定大豆籽粒棕榈酸含量性状的方法，可包括如下步骤：检测待测大豆基因组中基于Map-6064SNP位点的基因型，如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低棕榈酸含量性状的大豆籽粒，如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高棕榈酸含量性状的大豆籽粒。

为解决上述技术问题，本发明还提供了一种筛选或辅助筛选具有不同棕榈酸含量的大豆籽粒的方法，可包括如下步骤：检测待测大豆基因组中基于Map-6064SNP位点的基因型，如果为TT纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有低棕榈酸含量性状的大豆籽粒，如果为CC纯合型、待测大豆籽粒为候选的具有高棕榈酸含量性状的大豆籽粒。

上述方法中，所述Map-6064位点的所在基因为大豆基因组第5条染色体的Glyma.05g015400基因；所述Glyma.05g015400基因的核苷酸序列为序列表的序列1；所述Map-6064位点为序列表中序列1的第891位。

上述方法中，所述低棕榈酸含量指的是棕榈酸含量小于12.3％；所述高棕榈酸含量指的是棕榈酸含量可为12.3％以上。