[发明专利]一种食管鳞状细胞癌诊断模型的构建方法、所得诊断模型及模型的使用方法有效
申请号: | 201510497792.2 | 申请日: | 2015-08-14 |
公开(公告)号: | CN105044343B | 公开(公告)日: | 2017-03-08 |
发明(设计)人: | 王家林;薛付忠;张涛;赵德利;朱正江 | 申请(专利权)人: | 山东省肿瘤防治研究院 |
主分类号: | G01N33/574 | 分类号: | G01N33/574 |
代理公司: | 济南泉城专利商标事务所37218 | 代理人: | 贾波 |
地址: | 250117 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 食管 细胞 诊断 模型 构建 方法 所得 使用方法 | ||
1.一种食管鳞状细胞癌诊断模型的构建方法,其特征是,包括以下步骤:
(1)收集食管鳞状细胞癌患者和健康人群血清样本,作为分析样本,其中食管鳞状细胞癌血清样本包括食管原位癌血清样本、早期食管癌血清样本和晚期食管癌血清样本;
(2)将每个分析样本采用LC-MS血清代谢组学技术进行分析,得各血清样本的原始代谢指纹图谱;
(3)使用R语言XCMS软件包对各血清样本的原始代谢指纹图谱分别进行图谱预处理,得到每行为分析样本,每列为代谢物信息的二维矩阵,同时使用R软件包CAMERA对二维矩阵进行代谢物峰标识,用于进一步的统计分析;
(4)根据质荷比和保留时间从二维矩阵中筛选出适合于食管鳞状细胞癌早期诊断的诊断标记物的信息,得到诊断标记物二维矩阵;
(5)根据该诊断标记物二维矩阵,使用R语言中randomForest软件包构建随机森林模型,得食管鳞状细胞癌诊断模型。
2.根据权利要求1所述的构建方法,其特征是:步骤(4)中,所述适合于食管鳞状细胞癌早期诊断的诊断标记物为下述25种血清代谢标记物中的任意一种或一种以上的组合:beta-丙氨酸-赖氨酸(beta-Ala-Lys),左旋肌肽(L-Carnosine),顺-9-十六碳烯酸(cis-9-Palmitoleicacid),棕榈酸(Palmiticacid),油酸(OleicAcid),溶血磷脂酸LPA(18:1(9Z)/0:0),溶血卵磷脂LysoPC(14:0/0:0),溶血卵磷脂LysoPC(18:2(9Z,12Z)),溶血卵磷脂LysoPC(24:0),磷脂PC(14:1(9Z)/P-18:1(11Z)),磷脂PC(16:0/18:2(9Z,12Z)),磷脂PC(24:1(15Z)/22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z)),亚油酸(Linoleicacid),烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH),皮质醇(Cortisol),L-酪氨酸(L-Tyrosine),L-色氨酸(L-Tryptophan),甘氨胆酸(GlycocholicAcid),牛磺胆酸盐(Taurocholate),次黄嘌呤(Hypoxanthine),尿囊酸(Allantoicacid),肌苷(Inosine),1-磷酸鞘氨醇(Sphingosine1-phosphate),硫酸半乳糖基酰基鞘氨醇3-O-Sulfogalactosylceramide(d18:1/20:0),乳糖神经酰胺Lactosylceramide(d18:1/22:0)。
3.根据权利要求1所述的构建方法,其特征是:步骤(4)中,所述适合于食管鳞状细胞癌早期诊断的诊断标记物为beta-丙氨酸-赖氨酸(beta-Ala-Lys)和左旋肌肽(L-Carnosine)的组合;或者为顺-9-十六碳烯酸(cis-9-Palmitoleicacid)、棕榈酸(Palmiticacid)和油酸(OleicAcid)的组合;或者为溶血磷脂酸LPA(18:1(9Z)/0:0)、溶血卵磷脂LysoPC(14:0/0:0)、溶血卵磷脂LysoPC(18:2(9Z,12Z))和溶血卵磷脂LysoPC(24:0)的组合;或者为磷脂PC(14:1(9Z)/P-18:1(11Z))、磷脂PC(16:0/18:2(9Z,12Z))、磷脂PC(24:1(15Z)/22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z))和亚油酸(Linoleicacid)的组合;或者为烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)、L-酪氨酸(L-Tyrosine)和L-色氨酸(L-Tryptophan)的组合;或者为皮质醇(Cortisol)、甘氨胆酸(GlycocholicAcid)和牛磺胆酸盐(Taurocholate)的组合;或者为次黄嘌呤(Hypoxanthine)、尿囊酸(Allantoicacid)和肌苷(Inosine)的组合;或者为1-磷酸鞘氨醇(Sphingosine1-phosphate)、硫酸半乳糖基酰基鞘氨醇3-O-Sulfogalactosylceramide(d18:1/20:0)和乳糖神经酰胺Lactosylceramide(d18:1/22:0)的组合。
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