[发明专利]丝栗栲和米槠微卫星标记的特异性引物及检测方法有效
申请号: | 201510527157.4 | 申请日: | 2015-08-25 |
公开(公告)号: | CN105087801B | 公开(公告)日: | 2018-04-27 |
发明(设计)人: | 肖复明;伍艳芳;徐海宁;邱凤英;江香梅;王建;汪信东 | 申请(专利权)人: | 江西省林业科学院 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12N15/11 |
代理公司: | 广州科粤专利商标代理有限公司44001 | 代理人: | 刘明星 |
地址: | 330032 江西省南昌市昌北区枫*** | 国省代码: | 江西;36 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 丝栗栲 米槠微 卫星 标记 特异性 引物 检测 方法 | ||
1.一种丝栗栲微卫星标记和米槠微卫星标记的特异性引物,其特征在于,所述的微卫星标记的特异性引物如下所示:
特异性引物Slk4-2:F:TCCTGTTCAAGGCCATCT,R:ATCCACATTTCGGACACC;
特异性引物Slk5-1:F:GGTAATCGGTTTAGGACA,R:5'-TATTCCGCTATCGCAGTC;
特异性引物Slk8-1:F:AGTTTGCTGCCTGCCACAT,R:5'-TTTGCCCACTTGCTCCCT;
特异性引物Slk9-1:F:AAATGCTTGGTGGGAGCG,R:GAGATTGGCACGATGGAC;
特异性引物Slk10-2:F:AGTCTCAGATAAAATCCCAATA,R:CTTTCCATCACCTTAGTCCA;
特异性引物Slk11-1:F:AGCAAACCAGCCAACAAG,R:GGGCCACAAATGATAACACTAA;
特异性引物Slk12-2:F:ACACTGACAGCCACCACT,R:CTCACGCAACCTTCTTCT;
特异性引物Slk13-1:F:GCCCGTCCCTTTCTTCTC,R:TGGGTGGATCACAGTTTT。
2.一种丝栗栲微卫星标记的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取丝栗栲基因组DNA;
(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,利用权利要求1所述的特异性引物中的每个引物对分别进行PCR扩增;
(3)利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对PCR扩增产物进行分型。
3.根据权利要求2所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(2)中的PCR扩增的体系为:10×buffer 1μl,25mmol/L MgCl2 0.6μl,10mmol/L dNTP 0.6μl,5U/μl DNA聚合酶0.1μl,DNA模板50-100ng,25mmol/L引物F和R各0.5μl,双蒸水定容至10μl。
4.根据权利要求2所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(2)中的PCR扩增,其扩增反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性40sec,各微卫星引物对退火温度下复性60sec,72℃延伸60sec,34个循环;最后70℃延伸5min,4℃保存;丝栗栲微卫星标记的特异性引物的退火温度分别为:Slk4-2:55℃;Slk5-1:54℃;Slk8-1:54℃;Slk9-1:57℃;Slk10-2:54℃;Slk11-1:55℃;Slk12-2:57℃;Slk13-1:56℃。
5.根据权利要求2所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(3)中的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳使用8%的凝胶浓度。
6.一种米槠微卫星标记的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取米槠基因组DNA;
(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,利用权利要求1所述的特异性引物中的每个引物对分别进行PCR扩增;
(3)利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对PCR扩增产物进行分型。
7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(2)中的PCR扩增的体系为:10×buffer 1μl,25mmol/L MgCl2 0.6μl,10mmol/L dNTP 0.6μl,5U/μl DNA聚合酶0.1μl,DNA模板50-100ng,25mmol/L引物F和R各0.5μl,双蒸水定容至10μl。
8.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(2)中的PCR扩增,其扩增反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性40sec,各微卫星引物对退火温度下复性60sec,72℃延伸60sec,34个循环;最后70℃延伸5min,4℃保存;米槠微卫星标记的特异性引物的退火温度分别为:Slk4-2:55℃;Slk5-1:54℃;Slk8-1:54℃;Slk9-1:57℃;Slk10-2:54℃;Slk11-1:55℃;Slk12-2:57℃;Slk13-1:56℃。
9.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述的步骤(3)中的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳使用8%的凝胶浓度。
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