[发明专利]丝栗栲和米槠微卫星标记的特异性引物及检测方法

说明书

技术领域

本发明属于植物基因组DNA分子标记技术领域，具体涉及丝栗栲和米槠微卫星标记的特异性引物及检测方法。

背景技术

微卫星(microsatellite)，又称简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)，是指以1～6个核苷酸为单位，多次串联重复的DNA序列，其普遍存在于真核生物和原核生物的基因组中，甚至在病毒基因组中亦有存在。SSR分子标记具有以下特点：重复单元和重复次数高度可变，多态性信息容量高；呈共显性，遵循孟德尔法则遗传；侧翼序列相对保守；选择中性等。

基于以上特点，微卫星分子标记被广泛应用于物种的指纹鉴定、遗传图谱构建、群体遗传结构分析、比较基因组及进化研究等诸多研究领域。根据建立SSR标记的序列性质不同，SSR标记可分为基因组SSR(gSSR)和表达序列标签SSR(EST-SSR)。随着新一代测序技术的发展，物种的EST序列增长迅速，基于EST序列来开发植物的SSR分子标记已成为一种经济有效的途径。

丝栗栲(Castanopsis fargesii Franch)与米槠(Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata)同属壳斗科(Fagaceae)栲属(苦木栲属)Castanopsis(D.Don)Spach，该属植物种类繁多，且分布较广。丝栗栲又名大丝栗栲、丝栗树，为常绿乔木，具适应广、萌芽更新容易、生长快、用途广等特点，主要分布在亚洲热带、亚热带地区，是中亚热带常绿阔叶林中十分重要的群系。中亚热带丝栗栲次生林群落物种组成丰富，生态服务价值较高，对改善中亚热带用材林的景观结构、提高人工林生境多样性和生态系统稳定性具有重要意义。而米槠是南方常绿阔叶林重要组成树种之一，也是优良的观赏树种，是当今生态建设和绿化、美化城乡的主要树种，其涵养水源、保持水土、防灾减灾等生态功能很强，是重要的工业原料和食用菌生产原料。

目前，多采用植物生理学和生态学的方法来研究丝栗栲和米槠等栲属植物，而以分子标记的手段研究丝栗栲和米槠的群体遗传多样性、遗传分化和结构等研究相对滞后，严重影响了栲属群体的开发和利用。相对于栲属植物的重要地位来说，栲属中所能使用的SSR引物至今为止仍然很少，Huang等通过构建富集文库筛选到中华栲(Castanopsis chinensis)的12对SSR引物；Shi等获得苦槠栲(C.sclerophylla)的10对SSR引物；Ueno等开发了尖叶栲(C.cuspidata)的13对SSR引物和日本栲(C.sieboldii)的16对SSR引物。除此之外，对于丝栗栲和米槠的SSR标记开发鲜有报道，徐立安等曾采用通用性检测的方法开发了适用于栲树群体遗传结构研究的6对SSR引物，而未见丝栗栲和米槠EST-SSR和基因组SSR的开发报道。因此，需要进行丝栗栲和米槠SSR分子标记的开发，以增加位点数，更好的为丝栗栲和米槠等栲属植物的群体遗传分化与结构、群体的遗传多样性水平、群体间的基因流及交配系统等方面的研究服务。此外，米槠及其它部分栲属植物由于EST序列数量的限制，现阶段难以开发EST-SSR分子标记，因此，需要从同属植物中开发EST-SSR应用于米槠的遗传多样性检测。

发明内容

本发明针对目前丝栗栲和米槠SSR标记开发难度大、SSR标记数量少的不足提供丝栗栲和米槠微卫星标记的特异性引物及检测方法。

本发明的第一个目的是提供一种丝栗栲微卫星标记的特异性引物，其特征在于，所述的微卫星标记的特异性引物如下所示：

特异性引物Slk4-2：F：TCCTGTTCAAGGCCATCT(如SEQ ID NO.1所示)，R：ATCCACATTTCGGACACC(如SEQ ID NO.2所示)；

特异性引物Slk5-1：F：GGTAATCGGTTTAGGACA(如SEQ ID NO.3所示)，R：5'-TATTCCGCTATCGCAGTC(如SEQ ID NO.4所示)；

特异性引物Slk8-1：F：AGTTTGCTGCCTGCCACAT(如SEQ ID NO.5所示)，R：5'-TTTGCCCACTTGCTCCCT(如SEQ ID NO.6所示)；

特异性引物Slk9-1：F：AAATGCTTGGTGGGAGCG(如SEQ ID NO.7所示)，R：GAGATTGGCACGATGGAC(如SEQ ID NO.8所示)；