[发明专利]密执安棒形杆菌不同亚种的条形码鉴定方法及其专用引物

权利要求书

1.一种鉴定密执安棒形杆菌不同亚种的条形码引物，所述引物由引物cmhspF和引物cmhspR组成；所述引物cmhspF的核苷酸序列为序列表中序列1，所述引物cmhspR的核苷酸序列为序列表中序列2。

2.鉴定密执安棒形杆菌不同亚种的PCR试剂，由权利要求1所述的条形码引物、PCR扩增缓冲液和水组成，所述条形码引物中的引物cmhspF和引物cmhspR在所述PCR试剂中的终浓度均为0.5μM。

3.鉴定密执安棒形杆菌不同亚种的PCR试剂盒，包括权利要求1所述的条形码引物或权利要求2所述的PCR试剂。

4.根据权利要求1所述的引物或权利要求2所述的PCR试剂或权利要求3所述的PCR试剂盒，其特征在于：所述密执安棒形杆菌不同亚种为苜蓿细菌性萎蔫病菌、玉米内州萎蔫病菌、马铃薯环腐病菌或小麦细菌性花叶病菌。

5.权利要求1所述的引物或权利要求2所述的PCR试剂或权利要求3所述的PCR试剂盒在鉴定或区分待测密执安棒形杆菌不同亚种中的应用；

或权利要求1所述的引物或权利要求2所述的PCR试剂或权利要求3所述的PCR试剂盒在制备鉴定或区分待测密执安棒形杆菌不同亚种产品中的应用。

6.鉴定或辅助鉴定不同待测密执安棒形杆菌是否为同一亚种的方法，包括如下步骤：

1)分别提取不同待测密执安棒形杆菌的基因组DNA，利用权利要求1所述的引物进行PCR扩增，得到不同待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物；

2)将所述不同待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物测序，得到不同待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物序列；

3)将不同待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物序列进行聚类分析，聚为一簇的待测密执安棒形杆菌为一类亚种。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增的退火温度为55℃。

8.鉴定或辅助鉴定待测密执安棒形杆菌的亚种类型的方法，包括如下步骤：

1)分别提取待测密执安棒形杆菌的基因组DNA，利用权利要求1所述的引物进行PCR扩增，得到待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物；

2)将所述待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物测序，得到待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物序列；

3)将待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物序列与Genbank数据库密执安棒形杆菌不同亚种代表种的核苷酸序列进行聚类分析，所述待测密执安棒形杆菌的PCR扩增产物序列与Genbank数据库密执安棒形杆菌某个亚种的核苷酸序列聚为一簇，则该待测密执安棒形杆菌为该种亚种。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：所述Genbank数据库密执安棒形杆菌不同亚种代表种的核苷酸序列为序列表中序列23-序列29；

所述PCR扩增的退火温度为55℃。