[发明专利]用于急性髓细胞白血病(AML)的诊断、预后和治疗的基于微RNA的方法和组合物

说明书

本申请是以2008年1月29日提交的同名申请200880003736.7和201310439889.9的分别作为原始母案和直接母案的分案申请。

发明背景

急性髓细胞白血病(AML)是一种异质病症，它包括许多具有不同遗传异常状况和临床特征的实体¹。已知相对少数类型的白血病的发病机理²。具有中等和差的危险细胞遗传学的患者代表大多数AML；基于化疗的方案不能治愈这些患者中的大多数，干细胞移植经常是治疗选择^3-4。由于同种异体干细胞移植不是许多高危白血病患者的选择，迫切需要提高我们对这些白血病的生物学的理解和开发改良的疗法。

AML中mRNA表达水平的系统性高通量分析，已经描述了AML的新的分子亚群；已经提出，它们中的一些可预测结果^5-6。尽管有该进展，聚焦于已知的基因可能不足以揭示AML的分子难题。包括非编码RNA的完整基因组方案的整合，可能提高对AML生物学的理解。

微RNA(microRNA，miRNA)是长度为19-25个核苷酸的非编码RNA，其通过与部分或完全互补的位点进行碱基配对来诱导翻译抑制或切割它们的靶mRNA，从而调节基因表达⁷。miRNA参与关键的生物学过程，包括发育、细胞分化、细胞凋亡和增殖⁸。最近，已经将miRNA表达与造血作用和癌症相关联^9-11。Calin等人已经证实了慢性淋巴细胞性白血病中miR-15a和miR-16-1的缺失和下调¹²。几个研究组已经报道了大细胞淋巴瘤¹³和小儿Burkitt淋巴瘤¹⁴中miRNA表达的变化。更近地，已经证实转基因小鼠的B细胞中miR-155的过表达导致多克隆B细胞增殖和B细胞瘤形成¹⁵。这些发现表明，miRNA参与人癌症的起始和进展。

如本文所公开的，使用miRNA微阵列来描绘一大组具有明显中等和较差预后的AML患者，以研究miRNA谱与细胞遗传组和临床特征之间的关联。

在急性髓细胞白血病癌细胞中差异表达的微RNA的鉴别，将辅助诊断、预知和治疗白血病。此外，这些miRNA的推定靶的鉴别，将辅助解释它们的致病作用。在一个主要方面，本文提供了用于急性髓细胞白血病的诊断、预后和治疗的新的方法和组合物。

发明内容

本发明部分基于与正常对照细胞相比在乳腺癌细胞中差异表达的miRNA的急性髓细胞白血病癌症特异性特征(signature)的鉴定。

因此，本发明包括诊断受试者是否患有急性髓细胞白血病(AML)或处于发展该疾病的风险中的方法，该方法包括测量来自所述受试者的受试样品中至少一种miR基因产物的水平，其中与对照样品中相应的miR基因产物水平相比，受试样品中miR基因产物水平的改变表示受试者患有AML或处于发展AML的风险中。

在某些实施方案中，至少一种miR基因产物是miR-29或miR-181。在某些实施方案中，至少一种miR基因产物是miR-29b和/或miR-181b。

可使用多种本领域技术人员熟知的技术测量至少一种miR基因产物的水平。在一个实施方案中，使用RNA印迹分析测量至少一种miR基因产物的水平。在另一个实施方案中，受试样品中至少一种miR基因产物的水平低于对照样品中相应的miR基因产物的水平。此外，在另一个实施方案中，受试样品中至少一种miR基因产物的水平可高于对照样品中相应的miR基因产物的水平。

本发明还提供了诊断与受试者中一个或多个预后标记关联的AML的方法，该方法包括测量来自所述受试者的AML样品中至少一种miR基因产物的水平，其中与对照样品中相应的miR基因产物水平相比，受试样品中至少一种miR基因产物水平的改变表示受试者患有与一个或多个预后标记关联的AML。在一个实施方案中，这样测量至少一种miR基因产物的水平，即通过逆转录获自受试者的受试样品的RNA以提供一组靶寡脱氧核苷酸；将所述靶寡脱氧核苷酸与包含miRNA-特异性探针寡核苷酸的微阵列杂交以提供受试样品的杂交谱；和，将受试样品杂交谱与从对照样品产生的杂交谱相比较来进行测量。至少一种miRNA的信号的改变表示受试者患有AML或处于发展AML的风险中。

本发明还包括治疗受试者的CLL的方法，其中与从对照样品产生的信号相比，至少一种miRNA的信号失调(例如，下调，上调)。