[发明专利]一种有效提高建库效率的非对称高通量测序接头及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及高通量测序领域，更具体地说，涉及一种应用于SOLiD测序系统的，可有效提高建库效率的非对称高通量测序接头及其应用。

背景技术

高通量测序技术已广泛应用于生物学研究的各大领域，很多生物学问题借助高通量测序技术予以解决。SOLiD测序系统可以对由任何方法制成的测序文库进行测序，其最大的特点是使用了双碱基编码技术，该技术具有误差校正功能，因为它是通过两个碱基来对应一个荧光信号而不是传统的一个碱基对应一个荧光信号，这样每一个位点都会被检测两次，因此错误率明显降低。利用常规方法构建测序文库之后，在微反应器中加入测序模板、反应元件、微珠和引物，进行油包水PCR。这一步可以形成数目庞大的独立反应空间以进行扩增。理想状态下，每个反应空间只含一个DNA模板和一个P1磁珠，由水相中的P2引物和磁珠表面的P1引物所介导进行PCR反应，这个DNA模板的拷贝数量呈指数级增加。SOLID测序系统最大的优点就是每张玻片能容纳更高密度的微珠，在同一系统中实现更高的通量。

二代测序系统中，只有SOLiD测序系统以四色荧光标记寡核苷酸进行连续连接合成为基础，使得该方法在系统准确性和下游数据分析上表现出明显的优越性：独特的内置错误检查能力能把测量错误和真正的基因多态性区别开来。SOLiD测序系统适用于基因组测序的同时在转录组测序有很大的优势，例如，釆用SOLiD测序系统对构建的RNA文库进行测序可以快速获得大量数据，即使RNA表达水平很低系统也能够无偏向性地分析样品中存在的已知和未知的RNA而定量测定的RNA差异表达模式，因而可以检测到低丰度的RNA。因此，测序系统在对miRNA和mRNA进行大规模识别及其表达分析方面非常有优势。

在进行高通量测序之前，最重要的步骤莫过于进行测序文库的构建。例如，在SOLiD测序系统DNA测序文库构建中，首先要把基因组DNA随机打断，获得大量的DNA片段，其次选取其中一定范围大小的DNA片段进行末端修复，然后在片段两端连上P1和P2平端接头并进行缺口平移，最后进行扩增反应得到所需要的DNA测序文库。但是，在其文库构建的过程中，往往会出现同一测序片段只有一端连上P1或者P2接头中，而且由于接头连接时具有随意性，还会出现在同一测序片段两端连上同一接头的现象。这样减少接头利用率，降低扩增效率，不利于确定测序文库片段大小，同时提高了分离目的文库片段的难度。

针对SOLiD测序系统，为了解决以上在文库构建中出现的同一测序片段只有一端连上P1或者P2接头和同一测序片段两端连上同一接头的现象，需要设计一种适用于此系统的新的接头，以及采用新接头的一种文库构建新方法。这种新的接头可以提高接头的连接效率和减少错误接头连接的情形，并且接头连接之后目的DNA文库片段易于分离，最终提高测序文库构建的成功率。

发明内容

发明目的：

为了解决上述问题，本发明提供了一种有效提高建库效率的非对称高通量测序接头及其应用，以解决在文库构建的过程中目的DNA片段两端连上同一接头的问题。

技术方案：

本发明提供的一种有效提高建库效率的非对称高通量测序接头，由两条DNA寡核苷酸单链组成。

所述的一种有效提高建库效率的非对称高通量测序接头，其接头是：由两条DNA寡核苷酸单链经过退火得到的接头。其接头序列是：

P1-A：5’CCACTACGCCTCCGCTTTCCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT3’

PY-2：3’GACGGGGCCCAAGGAGTAAGACCGTCAGCCACT(PO₄)5’；

所述的非对称高通量测序接头的结构见附图1。

所述的非对称高通量测序接头中P1-A序列与P1接头的其中一条序列一致，其P1接头为SOLiD测序系统中构建DNA文库所用接头；

所述的P1接头，其序列是由两条DNA寡核苷酸单链经过退火得到的；其的接头序列是：

P1-A:5’CCACTACGCCTCCGCTTTCCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT3’

P1-B:3’TTGGTGATGCGGAGGCGAAAGGAGAGATACCCGTCAGCCACTA5’。