[发明专利]确定个体基因突变的方法和系统

权利要求书

1.一种确定个体基因突变的方法，所述基因突变与预定的疾病相关，其特征在于，包括：

(1)从所述个体的患病组织获取患病组织核酸样本，以及任选地从个体的正常组织获得正常组织核酸样本；

(2)利用探针对所述患病组织核酸样本以及任选的正常组织核酸样本进行筛选并构建测序文库，其中，所述探针特异性识别所述疾病相关的靶基因；

(3)对步骤(2)中所构建的测序文库进行测序，以便获得患病组织核酸测序结果以及任选的正常组织核酸测序结果；以及

(4)基于所述患病组织核酸测序结果，确定与所述疾病相关的基因突变。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述个体为哺乳动物，

任选地，所述个体为人，

任选地，所述疾病为癌症，

任选地，所述疾病为肝中分化胆管细胞癌，并且所述靶基因为选自表1的至少之一，

任选地，所述患病组织是以石蜡切片形式提供的，

任选地，所述正常组织为血液，

任选地，所述探针是以固相芯片的形式提供的，

任选地，所述核酸样本包括DNA样本和RNA样本。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，针对所述DNA样本，通过下列步骤构建所述测序文库：

(a)对所述DNA样本进行片段化，以便获得DNA片段；

(b)将所述DNA片段进行末端修复，以便获得经过末端修复的DNA片段；

(c)将所述经过末端修复的DNA片段的3’末端添加碱基A，以便获得具有粘性末端A的DNA片段；

(d)将所述具有粘性末端A的DNA片段与接头相连，以便获得连接产物；

(e)将所述连接产物进行PCR扩增，以便获得第二扩增产物；以及

(f)将所述第二扩增产物进行纯化回收，以便获得回收产物，所述回收产物构成所述测序文库，

其中，

在进行步骤(e)之前，利用所述探针对所述连接产物进行筛选，

任选地，在步骤(2)中，针对所述RNA样本，通过下列步骤构建所述测序文库：

(a)对所述RNA样本进行反转录PCR，以便获得cDNA片段；

(b)对所述cDNA样本进行末端修复，以便获得经过末端修复的cDNA片段；

(c)将所述经过末端修复的cDNA片段的3’末端添加碱基A，以便获得具有粘性末端A的cDNA片段；

(d)将所述具有粘性末端A的DNA片段与接头相连，以便获得连接产物；

(e)将所述连接产物进行PCR扩增，以便获得cDNA扩增产物；以及

(f)基于所述cDNA扩增产物，建立所述RNA样本的测序文库，

其中，

在进行步骤(e)之前，利用所述探针对所述连接产物进行筛选，

任选地，步骤(f)进一步包括：

利用双链特异性核酸酶，对所述cDNA扩增产物进行均一化处理，以便得到均一化的cDNA扩增产物；

对所述均一化的cDNA扩增产物进行二次扩增，以便获得二次扩增产物，所述二次扩增产物构成所述RNA样本的测序文库。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，与所述疾病相关的基因突变包括下列至少之一：SNV、SomaticIndel、SomaticSV、SomaticCNV以及在正常组织和肿瘤组织之间存在表达差异的基因，

其中，任选的，在正常组织和肿瘤组织之间存在表达差异的基因是通过下列步骤确定的：

将所述患病组织的RNA样本测序数据和所述正常组织的RNA样本测序数据分别比对到全基因组和基因区域；

基于能够比对到所述基因区域的测序数据的量，分别计算每个基因在正常组织和肿瘤组织中的RPKM值；

基于所述RPKM值，确定所述在正常组织和肿瘤组织之间存在表达差异的基因，

任选地，所述靶基因包括选自下列的至少之一：靶向药物相关基因、化疗药物相关基因、药物代谢相关基因、放疗相关基因、激素药物相关基因、抗体药物相关基因和疫苗相关基因。